r语言 - 错误"内存不足"的原因是什么？

Question

我有一个矩阵B。

dim(B)
> 3025 3025

当我尝试使用此矩阵来创建图形对象时，我收到错误：

library(igraph)
g <- graph.adjacency(B, weighted=TRUE, mode="undirected", diag=FALSE)
# Error in .Call("R_igraph_weighted_adjacency", adjmatrix, 
# as.numeric(mode),  : 
# At vector.pmt:439 : cannot reserve space for vector, Out of memory

错误的原因是什么？这是R或我的PC的限制吗？

> sessionInfo()
R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows Vista (build 6001) Service Pack 1
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
other attached packages:
[1] igraph_1.0.1

更新（@Gabor评论后）。我试图重现错误。我使用过：

B <- matrix(runif(3025*3025, 0, 10), nc = 3025) 
#Error: cannot allocate vector of size 69.8 Mb
g <- graph.adjacency(B, weighted=TRUE, mode="undirected", diag=FALSE)
object.size(B)
#73423056 bytes
object.size(g)
#395900 bytes

但错误是不同的。该错误是在从库（igraph）调用函数之前。然后我写了

B<-c()
>B
NULL
B <- matrix(runif(3025*3025, 0, 10), nc = 3025) 
g <- graph.adjacency(B, weighted=TRUE, mode="undirected", diag=FALSE)
Error in .Call("R_igraph_weighted_adjacency", adjmatrix, as.numeric(mode),  : 
  At vector.pmt:439 : cannot reserve space for vector, Out of memory
dim(B)
#[1] 3025 3025
object.size(B)
#73205112 bytes
object.size(g)
#395900 bytes

Answer 1

1. 错误从来不是来自library(igraph)，它总是来自graph.adjacency。

2. iGraph针对稀疏图进行了优化，您的图是完整的图，因此这并不理想。

3. 最重要的是，您将需要更多的内存。此图需要大约 300 MB 内存，显然您没有。

我不确定如果您未能创建它，您如何在g上调用object.size。