在java中为字符赋值

Question

我有这样的序列A C T G--C A G TG-C A并且我存储在一个文本文件中。如果文件中有-，我想赋值0并显示0而不是i对于G、A、T、C至1、2、3、4 也是如此

import java.io.*;
public class file
{
  public static void main(String args[]) throws Exception
   {
      FileReader fr=new FileReader("TESTDATA_HPV_34_1.txt");
      BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
      String s;
     while((s=br.readLine())!=null)
      {
        System.out.println(s);
      }
   }
}

Answer 1

您可以使用String的replace()实例方法。

String newString = s.replace("-", "0");

你也可以把它们串在一起。

newString = s.replace("G","1").replace("A","2").replace("T","3").replace("C","4");

replace返回一个带有替换项的新字符串，因为string是一个不可变的类。

如果您的测试数据非常大（我的意思是非常非常大），那么编写您自己的替换方法可能是值得的，该方法只在字符串中循环一次并替换每个字符。测试一下，看看只使用几个替换是否存在性能问题。

Answer 2

您可以按如下方式设置地图：

Map<Character, Integer> map = new HashMap<Character, Integer>(5);
map.put('-', 0);
map.put('G', 1);
map.put('A', 2);
map.put('T', 3);
map.put('C', 4);

现在，你可以做一些类似的事情：

String dna = "A C T G - - C A G T G - - C A";
StringBuilder result = new StringBuilder(dna.length());
for (int i = 0; i < dna.length(); i++) {
    char c = dna.charAt(i);
    if (map.containsKey(c))
        result.append(map.get(c));
    else
        result.append(c);
}
System.out.println(result);

2 4 3 1 0 0 4 2 1 3 1 0 4 2

Answer 3

readLine为您提供一行字符串

0）创建一个具有键G、a、T、C和值1、2、3、4 的地图

1） 从字符串行获取字符数组

2） 创建变量charVal

3） 遍历字符数组

4） 对于每个字符，将charVal初始化为0，从映射中获取该字符的值，并将其分配给charVal

5） 打印charVal

p.S.：正确关闭资源

Answer 4

正如Sotirios所说，使用Map将键绑定到相应的值。您可以迭代Map并将replace()应用于您拥有的字符串（很抱歉格式不正确）：

import java.io.*;
public class file
{
  public static void main(String args[]) throws Exception
   {
      Map<Character, Character> replacements = new HashMap<Character, Character>();
      replacements.put('-', '0');
      replacements.put('G', '1');
      // ....
      FileReader fr=new FileReader("TESTDATA_HPV_34_1.txt");
      BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
      String s;
      while((s=br.readLine())!=null) {
          for ( Map.Entry<Character, Character> entry : replacements.entrySet() ) {
              s = s.replace(entry.getKey(), entry.getValue());
          }
        System.out.println(s);
      }
   }
}

正如Cemafo所说，如果你关心性能，那么也许你应该使用String.replaceAll()来同时进行所有替换。