packrat损坏R功能的问题

Question

我在某个时候安装了包packrat，也许用过一次，然后继续我的生活。

然而，尽管已经几个月没有加载了，但它仍然是我经常使用R的一个麻烦。

似乎是随机的，我在RStudio中的R会话在某些操作中会失败，尤其是在包安装时。这是最近的错误消息(在运行parallel::makeCluster(parallel::detectCores()):之后

file(filename, "r", encoding = encoding)中的错误：无法打开连接

调用：源->文件

此外：警告信息：

在file(filename, "r", encoding = encoding):无法打开文件"packrat/init.R"：没有这样的文件或目录

执行已停止

我检查了.libPaths()上的所有文件夹，甚至不再安装packrat。究竟为什么R仍在尝试执行packrat操作？我该如何阻止这一切？

到目前为止，我的胶带解决方案是简单地关闭并重新打开RStudio，这对软件包安装问题来说很有吸引力。

然而，对于中的makeCluster(detectCores())，我似乎无法绕过这一点，因为我只有一个.R脚本。它在另一个项目的另一个脚本中运行得非常好。

背景：

sessionInfo()
# R version 3.2.2 (2015-08-14)
# Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
# Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS
# locale:
#  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8          LC_NUMERIC=C                  LC_TIME=en_US.UTF-8          
#  [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8        LC_MONETARY=en_US.UTF-8       LC_MESSAGES=en_US.UTF-8      
#  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8          LC_NAME=en_US.UTF-8           LC_ADDRESS=en_US.UTF-8       
# [10] LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8      LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8    LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8
# attached base packages:
# [1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
# other attached packages:
#  [1] doParallel_1.0.8 iterators_1.0.7  foreach_1.4.2    geosphere_1.4-3  xlsx_0.5.7       xlsxjars_0.6.1  
#  [7] rJava_0.9-6      xtable_1.7-4     sandwich_2.3-3   texreg_1.35      maptools_0.8-36  sp_1.1-1        
# [13] ggmap_2.5.2      ggplot2_1.0.1    data.table_1.9.5
# loaded via a namespace (and not attached):
#  [1] Rcpp_0.11.6         plyr_1.8.3          tools_3.2.2         digest_0.6.8        gtable_0.1.2       
#  [6] lattice_0.20-33     png_0.1-7           mapproj_1.2-4       proto_0.3-10        stringr_1.0.0      
# [11] RgoogleMaps_1.2.0.7 maps_2.3-11         grid_3.2.2          jpeg_0.1-8          foreign_0.8-66     
# [16] RJSONIO_1.3-0       reshape2_1.4.1      magrittr_1.5        codetools_0.2-11    scales_0.2.5       
# [21] MASS_7.3-43         colorspace_1.2-6    stringi_0.5-9003    munsell_0.4.2       chron_2.3-47       
# [26] rjson_0.2.15        zoo_1.7-12 

更新1:

安装packrat没有效果。运行packrat::init()导致在完成之前出现错误；一切都没有改变。

更新2:

我已经通过确定是工作目录导致了问题来隔离问题。我正在使用的工作目录中的什么可能导致了这些问题？以前在此目录中运行过packrat的一些剩余文件？

Answer 1

通过对@BondedDust产品的进一步尝试和错误，我终于解决了这个问题。之前曾尝试在我工作的特定工作目录中使用packrat，尽管后来卸载了packrat，但似乎留下了一些痕迹。

特别是，packrat编辑您的本地.Rprofile(由于@zerweck和@snaut的原始信用(，即该目录中R启动时的source() d。

如果使用.Rprofile存储一些本地配置，则应编辑文件并删除packrat行(或任何您不认识的行(；否则，您只需删除该文件即可将项目恢复到预期的工作状态。

Answer 2

检查您的HOME目录是否有无意的.Rprofile.

如果您尝试在HOME中使用Packrat：：init((，Packrat可能会将其放在这里。

带有packrat的install.package((在运行时查找.Rprofile。我观察到的行为使HOME.Rprofile优先于getwd((，从而导致

cannot open file 'packrat/init.R': No such file or directory