我正在RStudio中开发一个R包，并设置一个本地库来包含我的所有包。在我的Ubuntu系统中安装了一些更新后，我的R项目似乎已经失去了对本地库的跟踪，无法加载与之相关的库；用重新加载包裹
R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source mypackage
该程序试图安装到库"/usr/local/lib/R/site-library/"，但被拒绝
ERROR: No permission to install to directory '/usr/local/lib/R/site-library/'
据我记忆所及，每当我重建包时，那一行都指向我的本地目录，在那里我所有的库都是本地的
installing to library ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2’
很明显，R不知何故已经忘记了项目和库之间的联系。
我尝试用重新包含路径
.LibPaths("/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2")
但是，就在我再次重建包之后，程序在x86_64-pc-linux-gnu-library中创建了一个3.3目录。从那里，它无法找到与我的程序相关的库，并抛出另一个错误：
ERROR: dependencies '...', '...' are not available for package "mypackage"
有没有办法把程序恢复到以前的样子，这样我就不必重新安装所有东西，从头开始了？
默认情况下，R将主要次要版本号添加到库路径(?.libPaths)是有充分理由的，假设从3.2跳到3.3引入了效率或不兼容。这意味着这个版本跳转需要新的软件包安装。
如果您忽略了这一点，在3.2中组装的软件包在3.3中可能并不总是很好地发挥作用。(我不打算测试这个理论，如果你能反驳这个说法，请反馈，我真的很感兴趣！)
BTW：你对.libPaths的调用似乎可疑：我不知道大写-L版本，调用它时应该包括以前的路径(除非你真的想完全省略系统R库路径)，例如：
.libPaths("/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2", .libPaths())
如果你选择这样做，你可能在其他软件包中发现的任何错误都可能是由于不兼容造成的，不一定要向开发人员报告。
另一种选择是将3.2安装中的所有软件包重新安装到3.3库路径中。像这样的东西应该有助于自动化过程：
# to reinstall packages installed in R-3.2 subdir into R-3.3
install.packages(list.files(path = "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"))