gcloud.alpha.genomics.pipelines.run - 没有这样的文件或目录："wdl_pipeline.yaml"

Question

>我正在尝试在谷歌云中运行 GATK 最佳实践管道并得到以下错误

这是 gcloud 命令：

gcloud alpha genomics pipelines run 
--pipeline-file wdl_pipeline.yaml 
--regions us-central1 
--inputs-from-file WDL=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.wdl,
WORKFLOW_INPUTS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.hg38.inputs.json,
WORKFLOW_OPTIONS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.options.json 
--env-vars WORKSPACE=${GATK_OUTPUT_DIR}/work,
OUTPUTS=${GATK_OUTPUT_DIR}/output 
--logging ${GATK_OUTPUT_DIR}/logging/

错误： (gcloud.alpha.genomics.pipelines.run( 无法读取文件 [wdl_pipeline.yaml]： [errno 2] 没有这样的文件或目录： 'wdl_pipeline.yaml'

Answer 1

[更新]WDL 运行程序存储库位置已更改。https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk 的教程已更新。

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[原文]如果您按照 https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk 中的教程进行操作，请确保执行更改目录的步骤 4。它告诉您 wdl 文件不在您所在的目录中。