使用rJava从R中使用jackess

Question

我不太熟悉Java，但我试着在R(我最喜欢的)中完成这个任务!

有一个Java库叫做Jackcess。我想连接到这个库，并在其中打开MS Access 2003 .mdb文件。杰克的烹饪书告诉我使用这个库的第一步是:

Database db = DatabaseBuilder.open(new File("mydb.mdb"));

或者@ god建议的

File file = new File("C:/Users/Public/jackcessTest.mdb");
DatabaseBuilder dbbo = new DatabaseBuilder();
dbbo.setFile(file);
Database db = dbbo.open();

但是我在第一步就被困住了。

我已经安装了Java和rJava，并设置了关于目录的所有内容。这是我在R

中的代码

library(rJava)
.jinit()
.jaddClassPath("java/jackcess-2.1.2.jar") # there I have put the downloaded jar file of Jackcess
# .jaddClassPath("java/commons-logging-1.2.jar") # this is the commons-logging class that Jackcess depends on, commented to replicate problem 2] in my question.

file.name <- "D:/63.mdb" # some data base .mdb file (containing only tables)
file <- .jnew("java/io/File",file.name)
dbbo <- .jnew("com/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder")

[编辑:我发现我有两个问题，一个解决了，一个还没有。]到目前为止一切都很好，但是从现在开始我有一些问题:

1]正确地从jackess调用方法而没有签名不匹配，这两个都不起作用:

dbbo <- .jcall(dbbo,"L<DatabaseBuilder>","setFile",file)
dbbo <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder","setFile",file)

我得到这个错误:

Error in .jcall(dbbo, "Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder",  : 
method setFile with signature (Ljava/io/File;)Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder not found

我找到了这个步骤的答案，我只需要一个分号(;)在类定义字符串的末尾。

dbbo <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder;","setFile",file)

2]正确调用open方法，我的第一轮尝试:

 db <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;","open",evalArray = FALSE,evalString = FALSE)

，我得到这个错误:

 Error in .jcall(dbbo, "Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;", "open",  : 
 java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/logging/LogFactory

我搜索了一下，发现jackess依赖于一个叫做commons-logging的库，所以下载并添加到classpath中解决了这个问题

正确调用open方法，我的第二轮尝试:在类路径 中使用common -logging

db <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;","open",evalArray = FALSE,evalString = FALSE)

这给了我这个错误:

Error in .jcall(dbbo, "Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;", "open",  : 
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class com.healthmarketscience.jackcess.impl.DatabaseImpl

对于这个错误有什么建议吗?

[注]:有些答案是在我编辑之前提出的，所以它们现在看起来无关紧要，但我在上面解释的步骤中使用了它们

Answer 1

下面的代码显示了在Java中使用"真正的"DatabaseBuilder对象的.setFile和.open方法的另一种方法:

File file = new File("C:/Users/Public/jackcessTest.mdb");
DatabaseBuilder dbbo = new DatabaseBuilder();
dbbo.setFile(file);
Database db = dbbo.open();

在rJava中尝试类似的东西，看看它是否适合你。

编辑re:更新问题

您提到您在CLASSPATH中添加了Apache commons-logging，但是jacess也依赖于Apache commons-lang v2。x (而不是 v3.x)，所以尝试下载它并将其包含在您的CLASSPATH中。

三个建议:

在类路径中包含commons-lang-2.0.jar，类似于

rJava::.jaddClassPath("commons-lang-2.0.jar")

最简单的方法是尝试像这样调用J():

dbb <- rJava::.jnew("com/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder")
dbjfile <- rJava::.jnew('java/io/File', "D:/63.mdb")
dbop <- rJava::J(dbb, "open", dbjfile)

不管它的价值，如果你真的想用底层的方式来做，这是一种尝试的方法:

dbop <- .jcall(
    "RJavaTools"
  , "Ljava/lang/Object;"
  , "invokeMethod"
  , .jcall(dbb, "Ljava/lang/Class;", "getClass")
  , .jcast(dbb, "java/lang/Object")
  , .jnew("java/lang/String", "open")
  , .jarray(list(dbjfile), "java/lang/Object", dispatch = FALSE)
  , .jarray(rJava:::._java_class_list(list(dbjfile)), "java/lang/Class", dispatch = FALSE)
  , use.true.class = TRUE
  , evalString = TRUE
  , evalArray = FALSE
  )