r语言 - 将顶点属性添加到 NetworkD3 对象

Question

问候伙计们，

我一直在努力将颜色组添加到 r 中的 networkd3 对象以实现网络视觉对象。呈现视觉对象的代码很稳定，但我目前将分组变量设置为1。棘手的是，我有一个单独的表，用于评估颜色组。

我试图通过首先生成一个列表来将其添加为向量。

V(network)$color <- group[V(network)$name]

我还尝试了一个名为makeVertexAtt的自定义函数，并使用了igraph中的set_vertex_attr和vertex_attr-set，但无济于事。我在网络对象中进行简单连接时遇到的问题是cannot coerce class ‘"igraph.vs"’ to a data.frame.很公平，但是如果我创建向量并将其添加，则会出现Not a graph object错误。

例如，假设(因为这不是图形对象(我有这个名称向量：

V(Graph)$names<-c("knife","kitchen","toilet","shower","toothbrush", "shed")

然后，我有一个单独的数据集，其中包含两列，单词和类别。

Word<-c("knife","kitchen","toilet","shower","toothbrush")
Category <-c("Kitchen","Kitchen","bathroom","bathroom","bathroom")

理想情况下，我想要一个具有匹配向量的 V(图($color 属性

V(graph)$color<-c("Kitchen","Kitchen","bathroom","bathroom","bathroom","N/A")

任何想法将不胜感激。

Answer 1

这是一种将组信息从一个数据框合并到节点数据框的简单方法

names <- c("knife", "kitchen", "toilet", "shower", "toothbrush", "shed")
nodes <- data.frame(names, stringsAsFactors = FALSE)
Word <- c("knife", "kitchen", "toilet", "shower", "toothbrush")
Category <- c("Kitchen", "Kitchen", "bathroom", "bathroom", "bathroom")
group <- data.frame(Word, Category, stringsAsFactors = FALSE)
nodes$group <- group$Category[match(nodes$names, group$Word)]
nodes
#       names    group
# 1      knife  Kitchen
# 2    kitchen  Kitchen
# 3     toilet bathroom
# 4     shower bathroom
# 5 toothbrush bathroom
# 6       shed     <NA>

Answer 2

问候伙计们，我想我解决了我的问题。networkD3 对象是列表的列表。在 Python 中这个概念完全没问题，但在 R 中要访问级别，我没有使用两个$进入列表列表。

因此，而不是将组变量应用于network.D3$nodes.我需要向network.D3$nodes$group添加新的顶点。所以为了解决我的问题，我同时在调用中创建了一个合并变量，

group<- as.dataframe (Word,Category)
list<-merge (x=network.D3$nodes, y=group, x.by="names", y.by="Word",all.x=TRUE)
network.D3$nodes$group<-list$Category
forceNetwork(Links = network.D3$links, 
Nodes = network.D3$nodes, 
Source = 'source', 
Target = 'target',
NodeID = 'name',
Group = 'group',
opacity = 0.9,
Value = 'Width',
fontSize = 12,
zoom = TRUE, 
opacityNoHover = 1)

更新

我发现我的计划有一个缺陷。出于某种原因，将向量创建为单独的评估，然后将其重新添加不起作用，因为 networkD3 对象的顺序发生了变化？这是奇怪的行为。(不幸的是，由于数据保护，我无法分享现实世界的例子。

因此，我尝试使用以下代码在创建属性时进行评估：

network.D3$nodes$group<- list(merge(x=network.D3$nodes,y=Lexicon, by="name", all.x = TRUE))

但是这会将顶点添加为数据框，然后无法将其放置在forcenetwork中。在plyr尝试并没有提供更好的结果。

network.D3$nodes$group<- Lexicon %>% join(network.D3$nodes,Lexicon,by="name",type = "left")) %>% select(list(Category_1))
>Error in match.arg(match, c("first", "all")) : 
'arg' must be NULL or a character vector

如何在匹配计算后添加向量，其中结果保留为可分配给 networkD3 列表列表对象的向量？