我最近一直在学习一些Python以及如何将其应用于我的工作中。我已经成功地编写了几个脚本，但我遇到了一个我无法弄清楚的问题。
我正在打开一个包含 ~4000 行的文件，每行有两个制表符分隔的列。读取输入文件时，我收到一个索引错误，指出列表索引超出范围。但是，虽然我每次都收到错误，但它不会每次都在同一行上发生（就像，它每次都会在不同的行上抛出错误！因此，出于某种原因，它通常有效，但随后（似乎）随机失败。
由于我上周才开始学习Python，所以我被难住了。我四处寻找同样的问题，但没有找到类似的东西。此外，我不知道这是一个特定于语言还是特定于 IPython 的问题。任何帮助将不胜感激！
input = open("count.txt", "r")
changelist = []
listtosort = []
second = str()
output = open("output.txt", "w")
for each in input:
splits = each.split("t")
changelist = list(splits[0])
second = int(splits[1])
print second
if changelist[7] == ";":
changelist.insert(6, "000")
va = "".join(changelist)
var = va + ("t") + str(second)
listtosort.append(var)
output.write(var)
elif changelist[8] == ";":
changelist.insert(6, "00")
va = "".join(changelist)
var = va + ("t") + str(second)
listtosort.append(var)
output.write(var)
elif changelist[9] == ";":
changelist.insert(6, "0")
va = "".join(changelist)
var = va + ("t") + str(second)
listtosort.append(var)
output.write(var)
else:
#output.write(str("".join(changelist)))
va = "".join(changelist)
var = va + ("t") + str(second)
listtosort.append(var)
output.write(var)
output.close()
错误
---------------------------------------------------------------------------
IndexError Traceback (most recent call last)
/home/a/Desktop/sharedfolder/ipytest/individ.ins.count.test/<ipython-input-87-32f9b0a1951b> in <module>()
57 splits = each.split("t")
58 changelist = list(splits[0])
---> 59 second = int(splits[1])
60
61 print second
IndexError: list index out of range
输入：
ID=cds0;Name=NP_414542.1;Parent=gene0;Dbxref=ASAP:ABE-0000006,UniProtKB%2FSwiss-Prot:P0AD86,Genbank:NP_414542.1,EcoGene:EG11277,GeneID:944742;gbkey=CDS;product=thr 12
ID=cds1000;Name=NP_415538.1;Parent=gene1035;Dbxref=ASAP:ABE-0003451,UniProtKB%2FSwiss-Prot:P31545,Genbank:NP_415538.1,EcoGene:EG11735,GeneID:946500;gbkey=CDS;product=deferrrochelatase%2C 50
ID=cds1001;Name=NP_415539.1;Parent=gene1036;Note=PhoB-dependent%2C 36
期望输出：
ID=cds0000;Name=NP_414542.1;Parent=gene0;Dbxref=ASAP:ABE-0000006,UniProtKB%2FSwiss-Prot:P0AD86,Genbank:NP_414542.1,EcoGene:EG11277,GeneID:944742;gbkey=CDS;product=thr 12
ID=cds1000;Name=NP_415538.1;Parent=gene1035;Dbxref=ASAP:ABE-0003451,UniProtKB%2FSwiss-Prot:P31545,Genbank:NP_415538.1,EcoGene:EG11735,GeneID:946500;gbkey=CDS;product=deferrrochelatase%2C 50
ID=cds1001;Name=NP_415539.1;Parent=gene1036;Note=PhoB-dependent%2C 36
您获得IndexError的原因是您的输入文件显然不是完全制表符分隔的。这就是为什么当您尝试访问它时，splits[1]什么都没有。
您的代码可以使用一些重构。首先，您正在重复自己if检查，这是不必要的。这只是将cds0填充到 7 个字符，这可能不是您想要的。我将以下内容放在一起，以演示如何重构代码以使其更加python化和干燥。我不能保证它会与你的数据集一起工作，但我希望它可以帮助你理解如何以不同的方式做事。
to_sort = []
# We can open two files using the with statement. This will also handle
# closing the files for us, when we exit the block.
with open("count.txt", "r") as inp, open("output.txt", "w") as out:
for each in inp:
# Split at ';'... So you won't have to worry about whether or not
# the file is tab delimited
changed = each.split(";")
# Get the value you want. This is called unpacking.
# The value before '=' will always be 'ID', so we don't really care about it.
# _ is generally used as a variable name when the value is discarded.
_, value = changed[0].split("=")
# 0-pad the desired value to 7 characters. Python string formatting
# makes this very easy. This will replace the current value in the list.
changed[0] = "ID={:0<7}".format(value)
# Join the changed-list with the original separator and
# and append it to the sort list.
to_sort.append(";".join(changed))
# Write the results to the file all at once. Your test data already
# provided the newlines, you can just write it out as it is.
output.writelines(to_sort)
# Do what else you need to do. Maybe to_list.sort()?
您会注意到此代码将代码减少到 8 行，但实现了完全相同的事情，不会重复并且非常容易理解。
请阅读PEP8，python的禅宗，并浏览官方教程。
当计数中有一行不包含制表符时.txt会发生这种情况。因此，当您按制表符拆分时，不会有任何splits[1]。因此错误"索引超出范围"。
要知道哪一行导致错误，只需在第 57 行的 splits 后添加一个print(each)。在错误消息之前打印的行是您的罪魁祸首。如果您的输入文件不断变化，那么您将获得不同的位置。更改脚本以处理此类格式错误的行。