当我在R提示符下执行rtags(ofile="TAGS")时，"TAGS"文件被写入，并且没有输出到终端（与预期完全一样）。
当我在shell提示符下执行R CMD rtags -o TAGS时，也会写入"TAGS"文件，但我在终端上看到几组消息，如下所示：
etags: no input files specified.
Try `etags --help' for a complete list of options.
当我将libPath移出当前目录时，我会看到6组（12行），当我将其保留在那里时，会看到两组（4行）。也就是说，当rtags处理更少的文件时，我看到更多警告。
要复制，请在空目录中运行：
$ mkdir z
$ cd z
$ R --vanilla CMD rtags
Tagging R/C/Rd files under /home/sds/z; writing to TAGS (overwriting)...
etags: no input files specified.
Try `etags --help' for a complete list of options.
etags: no input files specified.
Try `etags --help' for a complete list of options.
etags: no input files specified.
Try `etags --help' for a complete list of options.
etags: no input files specified.
Try `etags --help' for a complete list of options.
etags: no input files specified.
Try `etags --help' for a complete list of options.
etags: no input files specified.
Try `etags --help' for a complete list of options.
Done
是什么导致了这些警告？有办法避开他们吗？
当我从控制台会话运行此程序时，控制台上的警告与您的警告完全不同，但它们大多是关于遍历工作目录中文件的过程的基本无意义的评论：
1: In file.remove(ofile) :
cannot remove file 'TAGS', reason 'No such file or directory'
.....
: In readLines(file) :, incomplete final line found on './Untitled.R'
我确实有这样的几个：
6: In grepl("n", lines, fixed = TRUE) : input string 5 is invalid in this locale
关于代码中指定标记位置的真实信息将进入TAGS文件。由于我的设置中的警告非常不同，我仍然认为您关于更改.Library变量时警告数量增加的问题的答案将取决于R在操作过程中解析的特定代码。一种猜测：从加载中删除代码可能会使某些操作无法顺利运行。记住，这些只是"警告"。
R CMD rtags为3种不同类型的文件创建TAGS文件：R文件、C文件和Rd文件（R文件的文档）。对于R文件，它使用R函数utils::rtags()；对于C和Rd文件，它调用etags实用程序（在Linux上；不确定它在MacOS或Windows上的作用）。
当etags在没有任何输入文件的情况下被调用时，您看到的错误消息由它发出。这是因为R CMD rtags使用find来查找要由etags处理的文件，并将find的输出馈送到etags中。如果您正在处理的目录或其任何子目录中没有C或Rd文件，则调用etags时将显示一个要处理的空文件列表，这将导致它打印一条错误消息。
您会看到几个错误消息，因为Rd文件和"C文件"分别调用etags，它们实际上包括.C、.h、.cpp和其他几种类型。
为了抑制这些消息，您应该明确告诉R CMD rtags不要处理您没有的文件。例如，R CMD rtags --no-c不会尝试查找C文件，R CMD rtags --no-Rd不会尝试查找Rd文件。
因此，例如，如果您只想标记R文件，请使用R CMD rtags --no-c --no-Rd。详见R CMD rtags --help。
顺便说一句，如果您的项目中有C文件，并且您确实想将它们与R文件一起标记，那么您可能仍然会收到这样的错误消息——比如说您有*.C和*.h文件，但没有*.cpp文件，并且在不使用--no-c标志的情况下调用R CMD rtags。该命令还将查找*.cpp文件，并使用空列表调用etags。
这里值得一提的另一个注意事项是，R CMD rtags只查找直接位于名为R的目录下的*.R文件，尽管这与问题没有直接关系。因此，目录中具有不同名称的R文件不会被标记。如果需要标记此类目录中的R文件，或者需要更大的灵活性，可以使用合适的参数从R会话中调用utils::rtags()。