我正试图在我的机器（Mac）上运行独立的ncbi-blast 2.2.29+，但在使用我的数据库运行blastx（或blastn）时收到此错误消息：
No alias or index file found for nucleotide database [db/viral.1.1.genomic] in search path [~/Users/KK/ncbi-blast-2.3.0+/Virus::]
我运行它的方式：
blastn -query input.fasta -out out.blast.txt -db db/viral.1.1.genomic
我的工作目录是~/Users/KK/ncbi-last 2.3.0+/Virus，有一个子目录db（~/Users/cK/ncbi-blast 2.3.0//Virus/db），db有viral.1.1基因组.phr、viral.1.1基因.pin、viral1.1.基因.pnd、viral.1.1基因.pni、viral.1.基因.pog、viral-1.1基因.psd、viral.1.1.1基因.psi、viral.11.1基因.psq，viral1.1.genomic.fasta.和我使用这个命令行制作了所有这些文件
makeblastdb -in viral.1.1.genomic.fasta -out viral1.1.genomic -dbtype prot -parse_seqids
我只是不知道为什么我一直收到错误消息说并没有找到别名或索引文件。我读过其他人发布的类似问题，但似乎并没有找到我的问题的答案。我尝试了其他的tblast和blastx，它们都返回了类似的错误，只是说蛋白质数据库而不是核苷酸
如果我没有记错，您需要单独创建索引文件。但也要注意构建核苷酸和/或蛋白质dbs，然后用错误的BLAST n/p engin进行搜索。2004年也是如此。我想你已经修复了它，并以正确的方式重建了你的数据库？