使第三方库在我的 R 包中可用



>我正在开发一个使用第三方函数的R包采用生物导体封装"甲基硅藻"

在一开始我的 R 包的代码中,我导入了 methylumi与library(methylumi).

在开发过程中(我使用 roxygen2 和 devtools),一切正常。但是,当我安装软件包并运行我的函数时,出现错误: could not find function "methylumIDAT" .

当然,如果我手动导入软件包,一切都解决了,但是我该如何制作这样每当我加载自己的包时methylumi都可用?

由于您使用的是开发工具,因此可以添加

devtools::use_package("methyilumi")

,然后在函数正文中调用methyilumi::methylumIDAT。这样,包将自动以Imports形式列在DESCRIPTION文件中。

本节提供了几种不同情况的说明:http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html#imports

这是通过命名空间文件完成的,并且在描述文件中也有说明。有几种方法可以在命名空间中导入函数,但最简单的方法是 importFrom("[PACKAGE_NAME]",[FUNCTION_NAME) 。然后,在"说明"中,将包名称添加到导入中。

请参阅弗里德里希·莱施(Friedrich Leisch)的这个非常好的教程。

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf

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