以批处理模式合并两个nd2堆栈

Question

我有一个文件夹，里面有以下尼康NIS文件:

P00_S00.nd2
P00_S11.nd2
P01_S01.nd2
P01_S12.nd2
P02_S02.nd2
P02_S13.nd2

:

P10_S10.nd2
P10_S21.nd2

我想用p (position)将它们连接起来:

P00_S00.nd2 + P00_S11.nd2 = P00.nd2
P01_S01.nd2 + P01_S12.nd2 = P01.nd2

现在我有一个ImageJ宏，需要打开两个文件:

pt = "P00"
win1 = pt + "_S00.nd2"
win2 = pt + "_S11.nd2"
selectWindow(win1);
selectWindow(win2);
run("Concatenate...", "  title=" + pt + " image1=" + win1 + " image2=" + win2 + " image3=[-- None --]");
saveAs("Tiff", "~/out/" + pt + ".tif");

我怎么做才能使整个文件夹一次处理而不手动打开文件?是否ImageJ宏有文本解析功能，从文件名提取迭代器?

Answer 1

你可能想使用"Process Folder"脚本模板，可以在ImageJ的脚本编辑器的Templates菜单中找到。详情请参见:

• ImageJ wiki上的批处理页面
• The Scripting with Fiji workshop