在比较基因组学中，在两个基因组中鉴定直系同源基因[被认为具有相似功能的基因]在多种应用中很重要。来自两个基因组的这些基因之间的关系可以是1：1，1：m，m：1和m：m：m。在Scala中，我写了这个简单的案例类来表示一个基因：
case class Gene(id: Int, protId: String, geneId: String)
进行映射的功能：
def orthologyMapping(genome1: Array[Gene], genome2: Array[Gene]): Vector[HashMap[Gene, Gene]] = { ...
我在文档中找不到任何内置类型，用于这种特定类型的映射关系集合。如您所见，Orthology -Mmapping（）返回类型是向量[hashmap [Gene，Gene]]，并且该向量包含一堆1：1关系的哈希图。
您是否考虑过建模这组关系作为图形？因为这对我来说似乎很合适。如果您想要准备使用的图书馆，请查看Verizon的Oncue团队的Quiver：https://verizon.github.io/quiver/
HashMap[T,U]表示m：1关系，例如 (a -> 1),(b -> 1)。为了表示M：M关系，您可以使用HashMap[Gene, Set[Gene]]。这可以建模m：m关系，例如(a -> (1,2)),(b -> (1,2))