我有几个Rmd文档，除了标题外，它们都具有相同的YAML前页。我怎么能保持这个frontmatter在一个文件，并有它用于所有的文档?它变得相当大，我不想每次调整frontmatter时都保持每个文件的同步。
I want to still
- 在RStudio中使用Knit按钮/Ctrl+Shift+K快捷键来编译
- 保持整个设置可移植:希望避免编写自定义输出格式或重写
rstudio.markdownToHTML(因为这将要求我携带.Rprofile太)
common.yaml:
author: me
date: "`r format (Sys.time(), format='%Y-%m-%d %H:%M:%S %z')`"
link-citations: true
reference-section-title: References
# many other options
示例文档
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title: On the Culinary Preferences of Anthropomorphic Cats
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I do not like green eggs and ham. I do not like them, Sam I Am!
所期望的输出:编译的示例文档(即HTML或PDF)，已编译的元数据在common.yaml注入。YAML中的R代码(在本例中是日期)将被编译作为奖励，但这不是必需的(我只将它用于我并不真正需要的日期)。
选项/解决方案?
我还没有完全使这些工作。
- 用标记可以创建一个
_output.yaml来放置常见的YAML元数据，但这会将所有的元数据放在YAML的output:下，所以只适用于html_document:和pdf_document:下的选项，而不是像作者，日期，… 写一个knitr块来导入YAML，例如
---- title: On the Culinary Preferences of Anthropomorphic Cats ```{r echo=F, results='asis'} cat(readLines('common.yaml'), sep='n') ``` ---- I do not like green eggs and ham. I do not like them, Sam I Am!如果我
knitr('input.Rmd')然后pandoc输出，但如果我使用Rstudio中的Knit按钮(我假设调用render)则不行，因为这在运行knitr之前首先解析元数据，并且元数据是畸形的，直到knitr已经运行。- Makefile:如果我足够聪明，我可以写一个Makefile或其他东西来注入
common.yaml到input.Rmd，然后运行rmarkdown::render()，并以某种方式将其连接到Rstudio的Knit按钮，也许以某种方式将这个Rstudio配置保存到.Rproj文件中，这样整个事情是可移植的，而不需要我编辑.Rprofile。但是我不够聪明。
EDIT:我尝试了最后一个选项，并将Makefile连接到Build命令(Ctrl+Shift+B)。但是，每次我通过Ctrl+Shift+B使用它时，这将构建相同的目标，并且我想构建与我目前在编辑器中打开的Rmd文件相对应的目标[至于Ctrl+Shift+K]。
找到了两个可移植的选项(即不需要.Rprofile定制，最小限度地重复YAML前文):
- 你可以在命令行上给pandoc提供通用的yaml !分析!
- 您可以将元数据的
knit:属性设置为您自己的函数，以便更好地控制Ctrl+Shift+ k时发生的事情。
选项1:通用YAML到命令行。
把所有通用的YAML放到它自己的文件
common.yaml:
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author: me
date: "`r format (Sys.time(), format='%Y-%m-%d %H:%M:%S %z')`"
link-citations: true
reference-section-title: References
---
注意它是完整的，即需要---。
然后在文档中，你可以指定YAML作为pandoc的最后一个参数，它将应用YAML(参见这个github问题)
in example.rmd:
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title: On the Culinary Preferences of Anthropomorphic Cats
output:
html_document:
pandoc_args: './common.yaml'
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I do not like green eggs and ham. I do not like them, Sam I Am!
你甚至可以把html_document:的东西放在_output.yaml，因为rmarkdown会把它放在output:文件夹下的所有文档。通过这种方式，在所有使用此标题的文档之间可以有而没有重复的YAML。
优点:
- 没有重复的YAML标题。
- 非常干净
缺点:
- 通用的YAML没有通过
knit，所以上面的日期字段不会被解析。您将得到字符串"r format(Sys.time()， format='%Y-%m-%d %H:% m:%S %z')"作为您的日期。 来自同一个github问题:
首先看到的元数据定义保持不变，即使稍后解析冲突的数据。
根据您的设置，这可能是一个问题。
选项2:覆盖knit命令
这允许更大的控制，虽然有点麻烦/棘手。
这个链接和这个链接提到了一个未记录的特性:当点击Rstudio的"Knit"按钮时，YAML的knit:部分将被执行。
总之:
- 定义一个函数
myknit(inputFile, encoding)，它将读取YAML，将其放入RMD，并在结果上调用render。保存在自己的文件myknit.r. 在
example.rmd的YAML中，添加knit: (function (...) { source('myknit.r'); myknit(...) })它似乎必须在一行上。使用
source('myknit.r')而不是仅仅将函数定义放入YAML的原因是为了可移植性。如果我修改myknit.r，我不必修改每个文档的YAML。这样，所有文档必须在其标题中重复的唯一通用 YAML是knit行;所有其他常见的YAML可以留在common.yaml.
然后按Ctrl+Shift+K工作，我希望从Rstudio内。
进一步说明:
-
myknit可能只是一个系统调用make，如果我有一个makefile设置。 - 注入的YAML将通过
rmarkdown传递，因此是针织的，因为它在调用render之前被注入。预览窗口:只要
myknit产生(单个)消息Output created: path/to/file.html，那么文件将显示在预览窗口我发现在输出中只能有一个这样的消息[不是多个]，或者你没有预览窗口。因此，如果您使用
render(它使"Output created: basename.extension")消息而最终生成的文件实际上在其他地方，则需要通过render(..., quiet=T)或suppressMessages(render(...))(前者也抑制knitr progress和pandoc输出)来抑制此消息，并使用正确的路径创建您的自己的消息。
优点:
- YAML首页是针织的
- 比选项1更多的控制，如果你需要做自定义预处理/后处理。
缺点:
- 比选项1更努力一点
-
knit:行必须在每个文档中重复(尽管source('./myknit.r')至少可以将函数定义存储在一个中心位置)
这是子孙后代的设置。为了可移植性，您只需要携带myknit.r和common.yaml。不需要.Rprofile或特定于项目的配置。
example.rmd:
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title: On the Culinary Preferences of Anthropomorphic Cats
knit: (function (...) { source('myknit.r'); myknit(...) })
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I do not like green eggs and ham. I do not like them, Sam I Am!
common.yaml[示例]:
author: me
date: "`r format (Sys.time(), format='%Y-%m-%d %H:%M:%S %z')`"
link-citations: true
reference-section-title: References
myknit.r:
myknit <- function (inputFile, encoding, yaml='common.yaml') {
# read in the YAML + src file
yaml <- readLines(yaml)
rmd <- readLines(inputFile)
# insert the YAML in after the first ---
# I'm assuming all my RMDs have properly-formed YAML and that the first
# occurence of --- starts the YAML. You could do proper validation if you wanted.
yamlHeader <- grep('^---$', rmd)[1]
# put the yaml in
rmd <- append(rmd, yaml, after=yamlHeader)
# write out to a temp file
ofile <- file.path(tempdir(), basename(inputFile))
writeLines(rmd, ofile)
# render with rmarkdown.
message(ofile)
ofile <- rmarkdown::render(ofile, encoding=encoding, envir=new.env())
# copy back to the current directory.
file.copy(ofile, file.path(dirname(inputFile), basename(ofile)), overwrite=T)
}
在example.rmd的编辑器中按Ctrl+Shift+K/Knit将编译结果并显示预览。我知道它正在使用common.yaml，因为结果包括日期和作者，而example.rmd本身没有日期或作者。
@mathematical提出的第一个解。咖啡是一个很好的方法，但是它给出的例子不适合我(可能是因为语法改变了)。如上所述，这可以通过在YAML头文件中提供pandoc参数来实现。例如,
这是header.yaml文件的内容:
title: "Crime and Punishment"
author: "Fyodor Dostoevsky"
添加到RMarkdown文件的开头:
---
output:
html_document:
pandoc_args: ["--metadata-file=header.yaml"]
---
参见pandoc手册中的--metadata-file参数