Torque集群上R Bioconductor SVA包的ComBat()函数存在OpenBLAS问题



我对R.中Bioconductor的SVA包中的ComBat()函数有问题

在我的笔记本电脑上(Latitude 5590运行Linux Ubuntu 18操作系统系统),运行良好。但如果我在TORQUE集群上运行它,对ComBat()的调用函数生成一个无限等待循环:

"Compat()"Found25批次

注:一个批次只有一个样本,设置平均值。only=TRUE

调整0协变或协变水平

跨基因数据标准化

OpenBLAS blas_thread_init:phread_create:临时资源不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,903725最大

OpenBLAS blas_thread_init:phread_create:临时资源不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,903725最大

OpenBLAS blas_thread_init:phread_create:临时资源不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,903725最大

OpenBLAS blas_thread_init:phread_create:临时资源不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,903725最大

OpenBLAS blas_thread_init:phread_create:临时资源不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,903725最大

OpenBLAS blas_thread_init:phread_create:临时资源不可用

你知道我该怎么解决吗?

我在网上查了一下,有些人已经遇到了这个问题,这与Python有关。这听起来很奇怪:如果这是一个Python问题,为什么它会出现在R中?

感谢

我的一位同事(StackOverflow之外)帮助我找到了解决方案。

我需要在我的R脚本中插入这个命令:

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

就是这样。

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