如何在 BASH 上运行一个使用 GNU 并行接受多个参数的 python 脚本

Question

我有一个python脚本，我通常从BASH shell执行，如下所示：

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut

如您所见，一些参数需要输入(例如 -rec(，而其他参数则不需要(例如 -neut(。我必须使用不同的输入执行此脚本 154 次。如何使用 GNU 并行脚本并行运行 8 个线程？

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor2.pdb -lig ligand2.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor3.pdb -lig ligand3.mol -cmethod gas -neut
...

Answer 1

我想你想要这个：

parallel 'pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor{}.pdb -lig ligand{}.mol -cmethod gas -neut' ::: {1..154}

如果您有 8 个 CPU 内核以外的其他，并且特别希望一次有 8 个进程，请使用：

parallel -j8 ...

如果要查看将在不实际运行任何内容的情况下运行的命令，请使用：

parallel --dry-run ...

Answer 2

生成器

脚本commands.txt示例：

#!/usr/bin/env bash
if [ "$#" -ne 1 ]; then
    echo "missing parameter: n"
    exit 1
fi
rm commands.txt 2> /dev/null 
dockp=$(which dockprep.py)
for((i=1;i<=$1;i++)); do
  echo "pychimera $dockp -rec receptor$i.pdb -lig ligand$i.mol -cmethod gas -neut" >> commands.txt
done

如果将上面的 bash 脚本另存为 cmdgen.sh则可以按以下方式运行它：

bash cmdgen.sh 100

如果你需要n是100。

并行运行命令：

$ module load parallel
$ parallel < commands.txt