R - 如何重新加载功能(或更改包优先级)

Question

我正在使用矩阵库来处理稀疏矩阵。有时，我需要运行一个使用 Bioconductor 包的函数，该函数依赖于 S4Vectors 库。不幸的是，Matrix 中的 "colSums" 函数与 S4Vectors 中的 "colSums" 函数冲突。因此，当我运行这个函数时，它会破坏我的"colSums"函数，这真的很烦人。

我知道这个问题有两种常见的解决方案： 1) 在加载 Matrix 库之前加载 Bioconductor 包 - 但是，我很少使用此功能，所以我宁愿只在需要时加载 Bioconductor 包。 2)不要调用"colSums"，而是调用"Matrix：：colSums" - 但是，这非常不方便，我需要更改整个代码库。

理想情况下，我只需加载 Bioconductor 包，运行我的函数，然后通过卸载 Bioconductor 包或重新加载 Matrix 包来清理我的环境。但是，我在做这些事情时遇到了麻烦。首先，是否可以重新加载 Matrix：：colSums(以便它替换 S4Vectors：：colSums)？其次，当我尝试卸载 S4Vector 时，R 抱怨，因为许多其他软件包都依赖于它。

因此，除了为什么 S4Vectors 具有与 R 中最常用的稀疏矩阵包冲突的明显问题之外，我想知道这个问题的最佳解决方案是什么？简单地重新加载一个包裹不可能那么困难，对吧？

Answer 1

正如您已经知道的，正确的方法是编写Matrix::colSums。

不需要重写代码的简单解决方案是添加一行

colSums <- Matrix::colSums

在代码中的某个位置。 那么这个colSums属于你的全局环境，因此在任何其他库之前找到。

编辑

我找到了更好的解决方案。 我将plyr和dplyr进行演示，因为它们都具有arrange功能并引起冲突。

例1.dplyr稍后加载，因此获胜。

library(plyr)
library(dplyr)
environment(arrange)  
# <environment: namespace:dplyr>

例 2.plyr胜

# unload libraries
unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)

关键是搜索顺序，您可以通过search函数找到它。 下面，您可以看到plyr在dplyr之前出现。

search()
# [1] ".GlobalEnv"        "package:plyr"      "package:dplyr"     "tools:rstudio"    
# [5] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"    
# [9] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         "package:base" 

例 3.您可以指定要在搜索列表中加载库的位置;pos论点。

unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")    
library(plyr)
library(dplyr, pos=length(search()))
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>
search()
# [1] ".GlobalEnv"        "package:plyr"      "tools:rstudio"     "package:stats"    
# [5] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
# [9] "package:methods"   "Autoloads"         "package:dplyr"     "package:base" 

总之，您可以加载Bioconductor库，并给出一个大数字作为pos。 也就是说，你说Bioconductor取决于S4Vector，S4Vector是引起冲突的那个。 遗憾的是，您无法直接控制依赖包的位置require因为语句位于Bioconductor包中。
解决方法是先使用pos选项加载S4Vector，然后加载Bioconductor：

library(S4Vector, pos=10)  # replace 10 by an appropriate large number
library(Bioconductor)  

然后，S4Vector将放在搜索顺序中的Matrix之后。

另一个解决方案

如果你想重新加载Matrix，那么你也可以这样做：

library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr> 

Answer 2

示例：

library(lubridate)

润滑剂覆盖日期。弹出一条消息，指出：以下对象从"package：base"屏蔽：日期 但是您仍然可以使用原始日期功能。

base::date()

所以你没有看加载顺序。只需具体说明您使用的功能即可。