使用 MCL 和帮助程序进行图形分析



我正在尝试使用马尔可夫聚类(mcl)算法的实现对数据进行聚类 micans.org。我在算法的描述中读到可以将一个元素分配给多个集群。我该怎么做?到目前为止,我可以获得具有唯一点分配的集群,

这是可能的。然而,这从来都不是一个经过充分研究的功能,一个问题是目前有几种选择,首先是可以使用 MCL 迭代器。一种方法如下:

mcl MCL-GRAPH-FILE -o foobar -dump dag -dump-interval 1:6 -wself 0.4 -wmax 0.4
clm imac -imx dag-1.foobar -overlap keep -o imac-1.foobar
clm imac -imx dag-2.foobar -overlap keep -o imac-2.foobar
clm imac -imx dag-3.foobar -overlap keep -o imac-3.foobar
clm imac -imx dag-4.foobar -overlap keep -o imac-4.foobar
clm imac -imx dag-5.foobar -overlap keep -o imac-5.foobar

对于具有 150 个节点的(小)图形,这报告以下内容(除了保存结果):

[clmmate] kept <7> instances of overlap
[clmmate] kept <47> instances of overlap
[clmmate] kept <37> instances of overlap
[clmmate] kept <19> instances of overlap
[clmmate] kept <6> instances of overlap

这表明与 MCL 迭代相关的重叠增加、达到峰值,然后再次减少。最好使用"mcl 图形文件"和跟踪标签的单独文件。例如,在 http://micans.org/mcl/man/clmprotocols.html#internal。-wself 和 -wmax 参数指示 mcl 如何将迭代简化为稀疏图。这是被转储的图形(带有"dag"前缀)。在示例中,参数非常松散,生成的图形实际上可能不是 DAG(有向无环图)。使用默认参数时,它应该是 DAG。

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