。
因此，我有来自不同来源的2.5mill节点，主要是系统发育树和数据库中的其他数据。我正在尝试使用SIGMAJS实现来可视化网络图，并在脚本上四处写作XML。我无法抬头的是如何计算X和Y位置？LES_ MISOLITION可视化清楚地表明它已被排序，而GEXF文档并没有说明我们应该如何计算X和Y坐标。使用三个节点来修补职位并没有对这个问题阐明太多，而Gephi网站似乎从我的末端降低了。如果某人可以在涉及4或5个簇的复杂网络图中计算X和Y坐标的方式，这真的很有帮助。
x and y（如果需要3D！）坐标是用"布局"计算的，forceatlas是这些布局之一。您要么在Gephi桌面版本中应用布局，要么通过使用Gephi Toolkit Java库编程的Java程序，可在此处提供：https：//gephi.org/toolkit/
运行布局的示例：https：//wiki.gephi.org/index.php/toolkit_-_layout_graph
然后，您可以以保持节点坐标的格式导出网络 - GEXF格式是一种很好的格式。使用工具箱导出图形为GEXF格式的脚本：https：//wiki.gephi.org/index.php/toolkit_-_export_graph