r语言 - 创建一个函数，将其参数传递给 Surv 函数(或任何其他函数)

Question

请考虑以下几点：

要创建生存曲线，可以利用survival包的survfit功能。

我的目标是编写一个函数(除其他外(创建这样的曲线，但该函数应该与列名也不同的data.frames一起使用。此外，分组变量将取决于相应的数据集。

我设法将不同的data.frame名称传递给函数，但为survfit和Surv函数提供列名对我不起作用。

任何帮助将不胜感激。

在我看来，这与简单地将data.frame列名传递给函数是不同的问题，如下所述：将 data.frame 列名传递给函数

# required libraries
library(survival)
library(flexsurv)
#### Examples that work without own function ===================================
# survfit wit lung data
survfit(Surv(time = time, event = status) ~ 1, data = lung)
#> Call: survfit(formula = Surv(time = time, event = status) ~ 1, data = lung)
#> 
#>       n  events  median 0.95LCL 0.95UCL 
#>     228     165     310     285     363
survfit(Surv(time = time, event = status) ~ sex, data = lung)
#> Call: survfit(formula = Surv(time = time, event = status) ~ sex, data = lung)
#> 
#>         n events median 0.95LCL 0.95UCL
#> sex=1 138    112    270     212     310
#> sex=2  90     53    426     348     550
# survfit with bc data
survfit(Surv(time = rectime, event = censrec) ~ 1, data = bc)
#> Call: survfit(formula = Surv(time = rectime, event = censrec) ~ 1, 
#>     data = bc)
#> 
#>       n  events  median 0.95LCL 0.95UCL 
#>     686     299    1807    1587    2030
# Create variable function that takes on data specific arguments
SurvFun <- function(fun.time, fun.event, grouping = 1, fun.dat){
survfit(Surv(time = fun.time, event = fun.event) ~ grouping, data = fun.dat)
}
#### Own function that doesn't work ============================================
# This should work for data = lung
SurvFun(fun.time = time, fun.event = status, grouping = 1, fun.dat = lung)
#> Error in Surv(time = fun.time, event = fun.event): Time variable is not numeric

创建于 2018-07-05 由 reprex 软件包 (v0.2.0(。

Answer 1

当列名没有用引号括起来时，它们将作为符号传递。传递符号比传递简单变量要困难得多。这也适用于公式。 你需要做一些元编程才能工作。 这是重写函数以工作的一种方法

SurvFun <- function(fun.time, fun.event, grouping = 1, fun.dat) {
params <- list(fun.time = substitute(fun.time),
fun.event = substitute(fun.event),
grouping = substitute(grouping), 
fun.dat = substitute(fun.data))
expr <- substitute(survfit(Surv(time = fun.time, event = fun.event) ~ grouping, 
data = fun.dat), params)
eval.parent(expr)
}