r语言 - Rscript ggplot - ggsave problem

Question

我使用以下代码绘制图形并将其打印为PDF:

ggplot(agg_data_cl, aes( as.Date(date), avg_entries, color = classification ) ) +
  geom_point()
ggsave(file = "output.pdf")

当我在TextMate中执行脚本时，这工作得很好。

但是当我通过RScript从命令行调用它时，我得到以下错误:

Error in all.vars(as.formula(.$facets)) : 
  could not find function "as.formula"
Calls: print ... <Anonymous> -> <Anonymous> -> <Anonymous> -> all.vars
Execution halted

我在我的rscript文件中使用以下头:

#! /usr/local/bin/Rscript --vanilla --default-packages=utils

你知道是什么问题吗?

下面是我的命令行会话信息:

R version 2.13.1 (2011-07-08)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
locale:
[1] C/UTF-8/C/C/C/C
attached base packages:
[1] grid  utils base 
other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.2 reshape_0.8.4 plyr_1.5.2   
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grDevices_2.13.1 graphics_2.13.1  stats_2.13.1

在textmate sessionInfo()给我更多附加的基本包:

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base

我不知道为什么会这样。

Answer 1

问题是在调用Rscript时--vanilla选项。

以下是Rscript --help对其选项的说明

--save              Do save workspace at the end of the session
--no-environ        Don't read the site and user environment files
--no-site-file      Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file      Don't read the user R profile
--restore           Do restore previously saved objects at startup
--vanilla           Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file
                    --no-init-file and --no-environ

. .--vanilla基本上意味着Rscript应该在开始执行R命令之前忘记一切，包括一些已安装的包。

Answer 2

as.formula在stats包中。不知道为什么它没有被加载，但看看是否手动包括library(stats)在你的脚本开始修复这个问题。

Answer 3

两件事:

1)确保您有库(ggplot2) _in_your_script_

2)确保打印()或plot() ggplot对象。(参见FAQ 7.22)这可能不是本实例中的问题，因为您正在保存gg，但这是Rscript会话中晶格或ggplot图形的常见问题。