我在Ubuntu中使用R。我意识到我在/usr/local/lib/R/site-library/和/home/sparhawk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/中都安装了软件包。我希望它们都在我的用户目录中。
如何将所有（非基本）软件包移动到用户目录？如有必要，我很乐意重新安装 R 和/或软件包。
我也尝试过sudo apt-get purge r-base，但这没有触及上面列出的根目录。
将 destdir 选项与 install.packages 一起使用，以指定要安装的软件包的位置。
install.packages（"RCpp，destdir="~/RPackages"， CRAN="http://cran.r-project.org"）
卸载 R 和包
首先我清除了 Ubuntu 软件包
$ sudo apt-get purge r-recommended
$ sudo apt-get --purge autoremove
...
dpkg: warning: while removing r-base-core, directory '/usr/lib/R/library' not empty so not removed
如上所述，一个目录未被删除，因此
$ rm -r /usr/lib/R /tmp
/usr/local/lib/R/site-library/ 和 ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/ 的包目录仍然存在，所以我删除了它们。
$ mv /usr/local/lib/R/ /tmp
$ mv ~/R/ /tmp/R-user
重新安装 R 和包
sudo apt-get install r-recommended
从用户帐户运行 R（我使用 RStudio）。手动安装软件包。
有一次，我得到了警告。
Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix'
因此，我没有以超级用户身份运行R，而是尝试在用户目录中安装另一个版本。我想我已经安装了两个版本，但 R 似乎选择了较新的版本。
> update.packages()
Matrix :
Version 1.0-14 installed in /usr/lib/R/library
Version 1.1-0 available at http://cran.rstudio.com
Update (y/N/c)? y
Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, :
'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (y/n) y
...
> update.packages()
Warning: package 'Matrix' in library '/usr/lib/R/library' will not be updated
> packageVersion('Matrix')
[1] ‘1.1.0’
但是，尽管 R 似乎选择了最新版本，但我仍然收到有关无法升级包的警告消息。
> biocLite("limma")
Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix'