当我将dbRDA应用于距离矩阵(在本例中为Bray-Curtis距离(时，如下所示：
dbrda(sqrt(dist) ~ ., site_vars)
在site_vars变量中包括一列有序因子可以吗，该变量是具有在采样点测量的值(例如平均温度(的数据帧，但也包括一列"；土壤；在哪里订购不同的土壤类型？或者有必要将单独的Condition自变量中的所有序数和标称缩放变量添加到公式中吗？
这里有一个小例子：
data <- rbind(
c(1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0),
c(1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0),
c(0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0),
c(1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0),
c(0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1)
)
rownames(data) <- c("Site_1", "Site_2", "Site_3", "Site_4", "Site_5")
colnames(data) <- c("Spec_1", "Spec_2", "Spec_3", "Spec_4", "Spec_5", "Spec_6", "Spec_7", "Spec_8", "Spec_9", "Spec_10")
dist <- vegdist(data, "bray")
site_vars <- data.frame(
Tmean = c(9, 10, 12, 14.5, 14),
SomethingElse = c(12, 14, 13, 16, 21),
Soil = c("good", "good", "OK", "OK", "bad")
)
site_vars$Soil <- ordered(site_vars$Soil, levels = c("good", "OK", "bad"))
# Version 1
dbRDA_Condition <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Condition(Soil), site_vars)
plot(dbRDA_Condition)
# Version 2
dbRDA <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Soil, site_vars)
plot(dbRDA)
版本1似乎忽略了我的土壤变量是排名的这一事实。版本2生成了一个我觉得有点难以解释的输出，因为除了组质心之外，它还显示箭头。我希望土壤有1个箭头，就好像它是一个数字变量，数字为1、2和3，而不是三个级别。然而，它显示了两个箭头，标记为Soil.L和Soil.Q。为什么一个变量有两个箭头？*.L和*.Q代表什么？不幸的是，我没有找到任何解释。
R使用对比分析因素。在无序因素中，默认的对比度是与第一个因素水平的差异。对于有序因子，R使用多项式对比度：线性(L(、二次(Q(、三次(C(、四阶(^4(。查看R统计环境的任何指南。dbrda没有发明这个特性，但它是R标准。