我有以下Dockerfile
:
# Use Python base image from DockerHub
FROM python:2.7
WORKDIR /salmon
# INSTALL CMAKE
RUN apt-get update && apt-get install -y sudo
&& sudo apt-get update
&& sudo apt-get install -y
python
cmake
wget
#INSTALL BOOST
RUN wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.66.0/source/boost_1_66_0.tar.gz
&& mv boost_1_66_0.tar.gz /usr/local/bin/
&& cd /usr/local/bin/
&& tar -xzf boost_1_66_0.tar.gz
&& cd ./boost_1_66_0/
&& ./bootstrap.sh
&& ./b2 install
#INSTALL SALMON
RUN wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.1/salmon-0.14.1_linux_x86_64.tar.gz
&& mv salmon-0.14.1_linux_x86_64.tar.gz /usr/local/bin/
&& cd /usr/local/bin/
&& tar -xzf salmon-0.14.1_linux_x86_64.tar.gz
&& cd salmon-latest_linux_x86_64/
ENV PATH=/salmon/
ADD . /salmon
当我尝试通过sudo docker run -v ~/Documents/Docker/salmon_test/:/data -it salmon:00.00.01
交互运行它时,出现错误:
"exec: "python2": executable file not found in $PATH": unknown."
我不明白为什么会出现此错误。我什至添加了sudo apt-get install python
命令(我以前没有(,但这也没有解决这个问题。有什么想法吗?
这是因为覆盖了$PATH
变量,因此容器无法找到可执行文件。
默认路径值为
/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
因此,当您将其设置为/salmon/
时,您可以使用完整路径调用 python,例如/usr/local/bin/python
,顺便说一句,您不应该像这样更新 PATH 变量。
最好使用现有的 PATH 变量进行更新。
FROM python:2.7
ENV PATH="/salmon/:${PATH}"
.
.