我正在我的从头转录组组装上运行blastx。当程序仍在运行时，我一直收到这样的错误：
Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Title is very long: 1127 characters (max is 1000)
。和其他字符数不同的。我已经在网上搜索了这个特定的错误，但我似乎没有找到任何关于它的内容。我希望遇到它的人可以帮助我理解它的含义，特别是，如果我应该停止运行并从不同的参数开始或对我的程序集进行一些更改。
我在ncbi-blast-2.2.29+版本中遇到了同样的问题。然后，我使用了旧版本（2.2.25+），makeblastdb对我来说工作得很好，没有以下两个消息错误：
错误： （1431.1） FASTA 读取器： 警告： FASTA 读取器： 标题很长： 1141 个字符（最多为 1000）
错误： （1431.1） FASTA 读取器： 警告： FASTA 读取器： 忽略找到的 FASTA 修饰符，因为输入不应有任何修饰符。
好吧，您也可以使用旧版本，直到开发人员解决问题为止。
你有没有想通这一点？我在使用三位一体程序集生成的 fasta 文件时遇到了同样的问题。fasta 文件没有以任何方式更改，所以我不确定为什么会有问题。我做了一些研究，找到了产生此错误的源代码：
void CFastaReader::ParseTitle(
00848 const SLineTextAndLoc & lineInfo, IMessageListener * pMessageListener)
00849 {
00850 const static size_t kWarnTitleLength = 1000;
00851 if( lineInfo.m_sLineText.length() > kWarnTitleLength ) {
00852 FASTA_WARNING(lineInfo.m_iLineNum,
00853 "FASTA-Reader: Title is very long: " << lineInfo.m_sLineText.length()
00854 << " characters (max is " << kWarnTitleLength << ")",
00855 ILineError::eProblem_TooLong, "defline");
00856 }
此代码位于：在此处输入链接说明
我最终使用单行代码从fasta标头中解析出无关信息：
sed -e 's/>* .*$//' original.fasta > truncated.fasta
但我建议先在测试文件上执行此操作，因为您的标头很可能与我的不同。
感谢您的指点！