如何在CSHARP项目中将Simpleitk图像转换为VTK

Question

我在我的程序中使用了Activiz(vtk的c#库(和SimpleITK，

我尝试使用SimpleITK加载dicom系列，然后将图像传输到Activiz，然后使用vtkVolumeRayCastMapper创建一个卷

ImageSeriesReader imageSeriesReader = new ImageSeriesReader();
VectorString dicomNames = ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(@"E:VTK3d王社教阅片端 - 复件王社教阅片端DataPV");
imageSeriesReader.SetFileNames(dicomNames);
Image image = imageSeriesReader.Execute();
VectorDouble spacing= image.GetSpacing();
image = SimpleITK.Cast(image, PixelIDValueEnum.sitkVectorUInt8);
VectorUInt32 size = image.GetSize();
int len = 1;
for (int dim = 0; dim < image.GetDimension(); dim++)
{
    len *= (int)size[dim];
}

IntPtr ptr= image.GetBufferAsUInt8();
int[] bufferAsArray = new int[len];
//Marshal.Copy(ptr, bufferAsArray, 0, len);
int max = bufferAsArray.Max();
int min = bufferAsArray.Min();
vtkImageImport dataImporter = new vtkImageImport();
dataImporter.CopyImportVoidPointer(ptr, len);
dataImporter.SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
dataImporter.SetDataExtent(0, (int)size[0], 0, (int)size[1], 0, 100);
dataImporter.SetWholeExtent(0, (int)size[0], 0, (int)size[1], 0, 100);
dataImporter.SetDataSpacing(spacing[0], spacing[1], spacing[2]);
vtkVolumeRayCastMapper volumeMapper = new vtkVolumeRayCastMapper();
vtkPiecewiseFunction volumeScalarOpacity = new vtkPiecewiseFunction();
volumeScalarOpacity.AddPoint(-260, 0.00);
//volumeScalarOpacity.AddPoint(500, 0.15);
//volumeScalarOpacity.AddPoint(1000, 0.15);
volumeScalarOpacity.AddPoint(340, 0.85);
vtkColorTransferFunction volumeColor = new vtkColorTransferFunction();
volumeColor.AddRGBPoint(-260, 0.0, 0.0, 0.0);
//volumeColor.AddRGBPoint(500, 1.0, 0.5, 0.3);
//volumeColor.AddRGBPoint(1000, 1.0, 0.5, 0.3);
volumeColor.AddRGBPoint(340, 1.0, 1.0, 0.9);
//vtkPiecewiseFunction volumeGradientOpacity = new vtkPiecewiseFunction();
//volumeGradientOpacity.AddPoint(0, 0.0);
//volumeGradientOpacity.AddPoint(90, 0.5);
//volumeGradientOpacity.AddPoint(100, 1.0);
vtkVolumeProperty volumeProperty = new vtkVolumeProperty();
volumeProperty.SetColor(volumeColor);
volumeProperty.SetScalarOpacity(volumeScalarOpacity);
// volumeProperty.SetGradientOpacity(volumeGradientOpacity);
//volumeProperty.SetInterpolationTypeToLinear();
//volumeProperty.ShadeOn();
//volumeProperty.SetAmbient(0.4);
//volumeProperty.SetDiffuse(0.6);
//volumeProperty.SetSpecular(0.2);
vtkVolumeRayCastCompositeFunction compositeFunction = new vtkVolumeRayCastCompositeFunction();
volumeMapper.SetVolumeRayCastFunction(compositeFunction);
volumeMapper.SetInputConnection(dataImporter.GetOutputPort());
vtkVolume volume = new vtkVolume();
volume.SetProperty(volumeProperty);
volume.SetMapper(volumeMapper);
volume.SetScale(0.3);
double[] c = new double[3];
c = volume.GetCenter();
renderer.AddVolume(volume);
renderer.Render();

我可以得到一个卷，但似乎这个卷已经被扭曲、切割、变形了。

Answer 1

您需要更改dataImporter.SetDataExtent并DataImporter.SetWholeExtent：

dataImporter.SetDataExtent(1, (int)size[1], 1, (int)size[0], 0, 19);
dataImporter.SetWholeExtent(1, (int)size[1], 1, (int)size[0], 0, 19);

和 Dicom 类型的原因，您必须删除该行：

dataImporter.SetDataScalarTypeToUnsignedChar();

或者将其更改为其他类型，例如短,...与 Dicom 兼容。

 dataImporter.SetDataScalarTypeToShort();

以及Dicom图像的像素类型的原因，您需要将转换类型和GetBuffer类型更改为int16：

image = SimpleITK.Cast(image, PixelIDValueEnum.sitkInt16);
IntPtr ptr = image.GetBufferAsInt16();

此外，您需要使用以下代码而不是CopyImportVoidPointer

dataImporter.SetImportVoidPointer(ptr);

此方法设置从中导入图像数据的指针。VTK 不会制作自己的数据副本，而是直接从提供的阵列访问数据。

Answer 2

我认为当您调用dataImporter.SetDataExtent和dataImporter.SetWholeExtent时，您会遇到一个off-by-1错误。 最大值应为大小 [0]-1、大小 [1]-1 和 99。