在 R 中使用 "sink()" 将写入从文件切换到标准输出

Question

我实现了以下过程，旨在写入一些文件并在写入完成后在每个文件的末尾打印一条消息：

# Print one file per piaf
output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs"
unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
dir.create(output_dir_piafs)
for (i in 1:length(lst_sorted)) {
    sink()      # Generates warnings...
    filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
    sink(file = filename, append = TRUE)
    sink(type = "message")
    cat("  ", colnames(file1), "n")
    for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
        cat(j, " ")
        lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
                function(x) { 
                    cat(as.character(x), " ")
                }
        )
        cat("n")
    }
    ## back to the console
    sink()
    cat(paste(filename, "done !n"))
    #flush(stdout())        # Tested, no particular effect
}

我的问题是，如果我不在循环的最开始时添加sink()，则标准输出（cat(paste(filename, "done !n"))）上的最终写入将不起作用。另一方面，添加此早期sink()会产生我想避免的警告：

There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In sink() : no sink to remove
2: In sink() : no sink to remove
3: In sink() : no sink to remove

有没有人知道sink（）的行为方式，和/或如何摆脱这些警告？

注意：我也尝试了try(sink(), silent=TRUE)，但silent选项只能防止错误...

Answer 1

你不必用sink，看看?cat，可以直接写入文件。

以下代码应该有效：

output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs"
unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
dir.create(output_dir_piafs)
lst_sorted <- c(1,2,3)
file1 <- c(a=1, b=2, c=3)
for (i in 1:length(lst_sorted)) {
  filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
  cat("  ", colnames(file1), "n", file=filename, append=T)
  for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
    cat(j, " ", file=filename, append=T)
    lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
           function(x) { 
             cat(as.character(x), " ", file=filename, append=T)
           }
           )
    cat("n", file=filename, append=T)
  }
  cat(paste(filename, "done !n"))
}

请注意，我将变量设置为 lst_sorted 和 file1 以使代码可重现。

cat解决方案是否适合您？

Answer 2

我最终通过在捕获中断时添加一个sink(type="output")来解决此问题 - Ctrl-C - （这使得标准输出的后续使用是正确的 - 否则将保持锁定/转移）：

tryCatch({
    # Print one file per piaf
    output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs"
    unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
    dir.create(output_dir_piafs)
    for (i in 1:length(lst_sorted)) {
        filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
        sink(file = filename, append = TRUE)
        sink(type = "message")
        cat("  ", colnames(file1), "n")
        for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
            cat(j, " ")
            lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
                    function(x) { 
                        cat(as.character(x), " ")
                    }
            )
            cat("n")
        }
        ## back to the console
        sink(type="output")
        cat(paste(filename, "done !n"))
    }
}, interrupt = function(ex) {
    ##cat("An interrupt was detected.n")
    sink(type="output")            # Restore the standard output !
    ##print(ex)
}) # tryCatch()

另一种方法（基于 user1981275 和 Karl Forner 的帮助）是：

tryCatch({
    # Print one file per piaf
    output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs_2"
    unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
    dir.create(output_dir_piafs)
    for (i in 1:length(lst_sorted)) {
        filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
        f <- file(filename, 'w')
        cat("  ", colnames(file1), "n", file=f)
        for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
            cat(j, " ", file=f)
            lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
                    function(x) { 
                        cat(as.character(x), " ", file=f)
                    }
            )
            cat("n", file=f)
        }
        flush(f)
        close(f)
        ## back to the console
        cat(paste(filename, "done !n"))
    }
}, interrupt = function(ex) {
    closeAllConnections()
}) # tryCatch()

该解决方案具有很大的优势，即不会转移标准输出，这意味着即使没有捕获中断，标准输出仍保持活动状态。

请注意，键盘中断处理仍然是必要的，以避免出现以下警告：

> warnings()
Warning message:
closing unused connection 3 (OUTPUT_dataset_piafs_2/piaf_16.txt)

根据?closeAllConnections：

"closeAllConnections"关闭（并销毁）所有用户连接， 恢复所有"水槽"改道。

最后注意：这两种方法之间的文件写入没有真正的速度差异。