将 Jupyter R 内核设置为环境版本,而不是系统默认值



今天,我正在我的Linux机器上设置一个R环境。 目标是运行可以处理生物信息学管道依赖关系的特定版本的 R。

到目前为止,我有: 下载并安装了 Anaconda (v 4.5.4(,并为 R 创建并激活了一个环境:

conda create --name r_3.5.1
conda activate r_3.5.1

在激活的环境中搜索并下载了特定版本的 R 和 R-essentials:

conda search r-base
conda install -c conda-forge r=3.5.1
conda search r-essentials
conda install -c r r-essentials=3.5.1

但是,当我在此环境中打开jupyter-notebook时,启动一个新的 R 笔记本并检查version,我运行的是 3.2.3 版。 这个旧版本似乎是我/usr/bin/r中的内容,而我想要的 R 版本是/home/me/anaconda3/envs/r_3.5.1

如何指定当我在特定环境中打开或创建 R 的 jupyter-notebook 时,它会以我想要的特定版本的 R 打开?

在环境中打开 Jupyter 笔记本不足以开始使用指定版本的 R。

为了解决这个问题,我在我的环境中安装了 jupyter:

conda install jupyter

然后我打开了一个先前使用错误 R 内核的现有 jupyter 笔记本,并在一个单元格中运行:

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

并与不同单元格中的version确认我正在运行正确的版本。

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