在配置文件 [snakemake] 中使用 Snakefile 变量

Question

是否可以在配置文件中使用Snakefile中的变量？在下面的示例中，我希望 Snakefile 将"foo"识别为变量名称并使用它的值。

蛇锉：

from pathlib import Path
foo = Path('path_to_dir')
rule all:
   input:
       config['OUT_FILE')

配置文件：

OUT_FILE: foo / "data/results/abc.png"

如果这是不可能的，是否有可以使用的替代解决方案？

Answer 1

您可以在配置中使用占位符或相对路径，并在解析配置文件后以编程方式替换它，在 Snakefile 的开头。请记住，snakemake 是 python plus 规则语法，因此您可以直接在工作流程中使用任何 python 代码。