r - 使用 grep 访问列表元素



如何使用grep 输出直接访问列表项? 到目前为止,我找到了一种间接方法,该方法涉及取消列出列表和 grep 输出:

list1 <- list(c("Group1", "Group2", "Group3"))
list2 <- list(c("GroupA", "GroupB", "GroupC"))
list.all <- c(list1,list2)               

以下代码有效,但我正在寻找 unlist() 的替代方案

idx <- unlist(lapply(list.all, function(x) grepl("Group1", x)))
unlist(list.all)[idx]

按预期返回"组 1"。

我正在寻找语法方面 - 但不起作用 - 是通过以下内容直接访问列表元素:

list.all[[id.index]]

但这显然返回>无效的下标类型"列表">

任何想法将不胜感激!

好的,所以我对此进行了一些思考。不幸的是,我没有什么简单的(就像你所要求的那样),但我用几种不同的方式对此进行了切片,并认为分享会很好。当然,如果您想要简单,您可以将其中任何一个转换为函数。

此外,对于它的价值,我这样做是为了自学如何使用列表中的匹配文本,这就是为什么它倾向于成为顶部的小人物(也许)。

数据

list1 <- list(c("Group1", "Group2", "Group3"))
list2 <- list(c("GroupA", "GroupB", "GroupC"))
list3 <- list(rep(paste0("Group", 1:1e5), 2))
list4 <- list(rep(paste0("Group", LETTERS), ceiling(2e5 / 26)))
list.12 <- c(list1,list2)
list.34 <- c(list3,list4)

返回矢量的选项

选项1(您的选项):

idx <- unlist(lapply(list.12, function(x) grepl("Group1", x, fixed = T)))
unlist(list.12)[idx]
[1] "Group1"

选项 2

idx.list <- lapply(list.12, grepl, pattern = "Group1", fixed = TRUE)
match.list <- Map(`[`, list.12, idx.list)
unlist(match.list)
[1] "Group1"

选项 3

unlist(list.12)[(grep("Group1", unlist(list.12), fixed = TRUE))]
[1] "Group1"

选项 4

unlist(list.12)[(stri_detect_fixed(unlist(list.12), "Group1"))]
[1] "Group1"

和小名单的基准:

Unit: microseconds
expr    min     lq     mean  median     uq      max neval
opt_1  7.001  8.305 153.6345  8.7790  9.668 1454.531    10
opt_2 12.234 12.433  14.6120 13.0425 14.481   26.645    10
opt_3  3.744  3.861   5.7395  4.0010  5.509   18.314    10
opt_4  4.511  4.763   7.1403  5.1635  6.047   18.205    10

上述所有选项的list.34输出

[1] "Group1"    "Group10"   "Group11"   "Group12"   "Group13"   "Group14"  
[7] "Group15"   "Group16"   "Group17"   "Group18"   "Group19"   "Group100" 
[13] "Group101"  "Group102"  "Group103"  "Group104"  "Group105"  "Group106" 
[19] "Group107"  "Group108"  "Group109"  "Group110"  "Group111"  "Group112"
...........
[997] "Group1885" "Group1886" "Group1887" "Group1888"
[ reached getOption("max.print") -- omitted 21224 entries ]

和基准(就其价值而言):

Unit: milliseconds
expr      min       lq     mean   median       uq      max neval
opt_1 20.28270 21.59880 24.63574 22.97677 25.07883 34.28110    10
opt_2 15.65542 17.01358 19.29739 17.47097 18.95579 28.15225    10
opt_3 21.87411 23.17457 25.59646 24.06683 25.01356 40.57871    10
opt_4 31.78084 34.60584 38.84164 38.00180 42.79115 50.28889    10

因此,看起来选项 2 使用较大的数据进行了最佳缩放。但是输出说明了为什么在使用grepgrepl或其他使用正则表达式的函数时必须小心。

返回向量的"更安全"选项

因此,我认为包括一些"更安全"的选项可能会有所帮助。而且,更安全的是,我的意思是它们只会匹配文本"Group1"。它们也不会与"Group11..."匹配。

安全选项 1

unlist(list.12)[match(unlist(list.12), "Group1", nomatch = F)]
[1] "Group1"

安全选项 2

unlist(list.12)[unlist(list.12) %in% "Group1"]
[1] "Group1"

安全选项 3

idx.list <- lapply(list.12, grepl, pattern = "\bGroup1\b")
match.list <- Map(`[`, list.12, idx.list)
unlist(match.list)
[1] "Group1"

以及"更安全"或精确单词匹配选项的基准:

Unit: microseconds
expr    min     lq    mean  median     uq    max neval
safe_1  3.063  3.124  3.9562  3.7135  4.172  7.157    10
safe_2  2.897  3.089  5.8281  3.3700  4.436 26.729    10
safe_3 27.978 28.564 34.1458 28.9110 30.869 75.457    10

输出向量的所有更安全选项的list.34

[1] "Group1" "Group1"

此输出是预期的,因为list.34中只有两个"Group1"

更安全选择的list.34基准。

Unit: milliseconds
expr       min        lq      mean    median        uq       max neval
safe_1  13.79823  14.45908  17.40700  15.07796  23.18696  23.95939    10
safe_2  15.61516  17.61696  21.76075  21.15972  25.17552  28.91110    10
safe_3 120.27222 125.82341 129.01684 129.11074 131.15969 141.02159    10

返回列表的选项

最后,我认为以列表形式保留匹配项也可能很有用。因此,我以几种方式进行了此操作,并对它们进行了基准测试。请注意,选项 1 和 4 返回相同的结果,选项 2 和 3 返回大致相同的结果。

列表选项 1

idx.list <- lapply(list.12, grepl, pattern = "\bGroup1\b", fixed = F)
match.list <- Map(`[`, list.12, idx.list)
match.list[lapply(match.list, length) > 0]
[[1]]
[1] "Group1"

仅返回匹配的元素

列表选项 2

Filter(function(x) "Group1" %in% x, list.12)
[[1]]
[1] "Group1" "Group2" "Group3"

返回包含匹配元素的向量

列表选项 3

list.12[which(unlist(list.12) %in% "Group1")]
[[1]]
[1] "Group1" "Group2" "Group3"

还返回包含匹配元素的向量

列表选项 4

list4_ind <- Map(`%in%`, list.12[which(unlist(list.12) %in% "Group1")], "Group1")
Map(`[`, list.12[which(unlist(list.12) %in% "Group1")], list4_ind)
[[1]]
[1] "Group1"

与选项 1 一样,这仅返回匹配的元素

列表选项的基准:

Unit: microseconds
expr    min     lq     mean  median     uq      max neval
list_opt_1 37.837 38.943  48.4543 46.3615 48.831   85.498    10
list_opt_2  8.474  9.749 243.2209 11.2840 12.538 2330.869    10
list_opt_3  3.384  3.876   4.9735  4.2705  5.051   11.233    10
list_opt_4 22.056 22.209  27.1948 25.8670 29.827   36.355    10

对于输出列表的所有选项,列表.34 的输出:

选项 1 和 4

[[1]]
[1] "Group1" "Group1"

选项 2和 3(实际上,选项 2 不会向列表返回空的第二个元素,只会返回 list1):

[[1]]
[1] "Group1"    "Group2"    "Group3"    "Group4"    "Group5"    "Group6"   
[7] "Group7"    "Group8"    "Group9"    "Group10"   "Group11"   "Group12"  
[13] "Group13"   "Group14"   "Group15"   "Group16"   "Group17"   "Group18"
..........
[985] "Group985"  "Group986"  "Group987"  "Group988"  "Group989"  "Group990" 
[991] "Group991"  "Group992"  "Group993"  "Group994"  "Group995"  "Group996" 
[997] "Group997"  "Group998"  "Group999"  "Group1000"
[ reached getOption("max.print") -- omitted 199000 entries ]
[[2]]
NULL

再次返回包含匹配项的整个向量。

和基准:

Unit: milliseconds
expr        min         lq       mean     median         uq        max neval
list_opt_1 120.899425 121.931426 128.245115 130.018640 131.247377 136.823413    10
list_opt_2   1.365003   2.398965   3.554334   2.499366   2.560078   9.524567    10
list_opt_3  11.169013  11.987195  16.755645  15.267181  21.299495  24.538944    10
list_opt_4  27.388212  32.125164  40.104322  40.680335  47.248335  48.679709    10

总结:

  • 如果您想返回没有正则表达式的确切(安全)模式的向量,那么安全选项 1 似乎可以最好地缩放。

  • 如果要使用正则表达式返回向量,安全选项 3 最适合更多数据。它与常规选项 2 相同。

  • 如果您想要一个仅返回匹配项的列表,请使用列表选项 4。

  • 如果您想要使用正则表达式仅包含匹配项的列表,请使用列表选项 1。

  • 如果要返回包含列表中匹配项的向量,则列表选项 2 中的Filter非常快。

受到@Andrew精心回答的启发,我找到了考虑他对安全方法的考虑的最简单方法,同时保持最大的可读性恕我直言。不过,主要功劳归于@Andrew。我的回答只适合那些不想通读他有趣的分析的人。这是我的建议:

idx <- unlist(list.all) %in% "Group1"
unlist(list.all)[idx]
"Group1" "Group1" "Group1"

或者更短、更优雅地使用 dpyr:

unlist(list.all) %in% "Group1" %>% unlist(list.all)[.]

我知道这仍然没有摆脱 unlist() - 我最初的目标 - 但避免了通过 grepls 的部分匹配获得错误结果的风险。

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