R-如何在SGE群集上运行不同的多个rscript

Question

我试图在sge群集上运行不同的rscript，每个rscript仅通过一个变量（例如cancer＆lt; - " uvm"或" acc"等）。

我尝试了两种方法：要么运行单个rscript，该rscript获得了30种不同癌症名称的命令行论证

或

运行每个rscript（即uvm.r，acc.r等）

无论哪种方式，我都很难弄清楚如何提交这些作业，因此我可以每次使用不同的参数30次运行一个rscript，也可以在没有命令行参数的情况下运行多个rscript。

Answer 1

您可以在bash中循环时使用。

1. 设置参数输入文件，例如args.txt：

   UVM
   ACC
   

2. 在while循环中运行qsub以提交每个参数的脚本：

   while read arg
   do 
       echo "Rscript script.R ${arg}" | qsub <options>
   done <args.txt
   

   上面使用echo将代码传递到qsub。

Answer 2

这样的作业脚本：

#!/bin/bash
#$ -t 1-30
shift ${SGE_TASK_ID}
exec Rscript script.R $1 

像此qsub job_script dummy UVM ACC ...