r-如何在afex函数中报告混合(MODEL)的结果



我在R:中做了这个公式

> mixed3 <- mixed(peak_Mid ~ (1|item) + (1+vowel3|speaker) + sex*vowel3*Language, data=data1.frame, na.action=na.omit)
Fitting 9 (g)lmer() models:
[.........]
Obtaining 8 p-values:
[Note: method with signature ‘sparseMatrix#ANY’ chosen for function ‘kronecker’,
 target signature ‘dgCMatrix#ngCMatrix’.
 "ANY#sparseMatrix" would also be valid
........]
> summary(mixed3)
               Effect        stat ndf       ddf F.scaling      p.value      stat.U ndf.U     ddf.U F.scaling.U    p.value.U
1         (Intercept) 9500.922104   1  70.40672 1.0000000 7.529698e-77 9500.922104     1  70.40672          NA 7.529698e-77
2                 sex   15.980281   1  71.52842 1.0000000 1.538529e-04   15.980281     1  71.52842          NA 1.538529e-04
3              vowel3    8.596702   2  27.40531 0.9916348 1.264905e-03    8.669222     2  27.40531          NA 1.209863e-03
4            Language    3.996819   2  70.74337 0.9909675 2.267036e-02    4.033250     2  70.74337          NA 2.194066e-02
5          sex:vowel3    1.746398   2  75.92257 0.9870432 1.813334e-01    1.769323     2  75.92257          NA 1.774036e-01
6        sex:Language    4.136050   2 170.78334 0.9964821 1.761500e-02    4.150652     2 170.78334          NA 1.737140e-02
7     vowel3:Language    1.573332   4  66.15951 0.9799283 1.917146e-01    1.605559     4  66.15951          NA 1.832701e-01
8 sex:vowel3:Language    1.239002   4 195.29430 0.9894859 2.956981e-01    1.252168     4 195.29430          NA 2.903144e-01

然而,我不确定stat、ndf、ddf、F.scaling和p.value是什么。我能问一下如何报告这个输出的统计结果吗?为什么在输出的右侧,列头的末尾有".U",数字与左侧相似?

这是一个有点灰色的区域,但它可能介于统计问题和编程问题之间。

  • Effect:效果名称
  • stat:计算的F统计量
  • ndf:分子自由度(用于效果的参数数量)
  • ddf:分母自由度(用于测试效果的有效剩余自由度),使用pbkrtest::KRmodcomp根据Kenward Roger校正计算
  • F.scaling:K-R中F统计量计算的标度
  • p.value:K-R估计p值

Kenward Roger校正做两件独立的事情:(1)它计算分母df的有效数;(2) 它根据计算出的数量对统计数据进行缩放。我认为(但不确定)这些列的.U变体是(我认为)在没有缩放的情况下计算的等效度量。

您会注意到.U版本与第一组值几乎相同;这在很大程度上是正确的,因为分母的自由度都很大(例如>50)——当ddf只有27.4时,会注意到最大的差异("vowel3"效应)。对于如此大的ddf,你使用什么值几乎无关紧要——你会从似然比测试中得到相同的答案。

要了解更多信息,我需要深入研究——这似乎没有记录在案。原始计算以pbkrtest::.KR_adjust为单位;据我所知,ndf.Uddf.U的参数实际上与非.U的参数相同,并且F.scaling.U总是NA;只有统计量和p值不同(在F.scaling接近1的程度上,它们将非常相似…)

我可能会给维护人员发电子邮件,建议对输出和文档进行一些小的调整(即ndf.Uddf.UF.scaling.U列可能应该被抑制;其他列可以更好地文档化)。。。

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