r语言 - 安装软件包失败



当尝试安装ndl,minqa,RcppEigen,lme4等软件包时,出现以下错误:

    install.packages("RcppEigen")
Installing package into ‘/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
probando la URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/RcppEigen_0.3.2.0.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1251504 bytes (1.2 Mb)
URL abierta
==================================================
downloaded 1.2 Mb
* installing *source* package ‘RcppEigen’ ...
** package ‘RcppEigen’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -O3 -pipe  -g  -c fastLm.cpp -o fastLm.o
g++ -shared -o RcppEigen.so RcppEigen.o fastLm.o Note: no visible binding for global variable '.Data' Note: no visible binding for global variable '.Data' -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio
g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio
make: *** [RcppEigen.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’
The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpzLOC7E/downloaded_packages’
Mensajes de aviso perdidos
In install.packages("RcppEigen") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status

我尝试重新安装 R:

 sudo apt-get remove --purge r-base r-base-dev r-base-core
 sudo apt-get install r-base r-base-dev

我删除了R文件夹中的所有内容,但问题仍然存在。接下来我可以尝试什么?

我远非 R 专家,但我在安装 minqa 时遇到了类似的问题,这是由于我的 ~/中的欢迎消息。配置文件。事实证明,(出于我不知道的原因)任何指导 minqa C++编译的东西似乎都会将 stdout 直接输送到 g++,这是C++编译器。

您可以在错误消息中看到以下内容:

g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio

某些内容正在生成消息"注意:全局变量没有可见绑定"。数据'",直接传递给 g++。如果您可以以某种方式抑制此警告消息,我的猜测是 minqa 随后会愉快地编译。

编辑:我刚刚意识到您通过重新安装 Ubuntu 解决了问题。哦,好吧。

这看起来非常糟糕。

现在,我在 Ubuntu 上开发/维护这些,所以你很有可能让它工作,除非你以某种方式炸毁了你的系统。

先尝试更简单的东西。 在 R 中,请执行:

 R> library(Rcpp)
 R> evalCpp("2+2")   

你得到我们期望的答案吗? 否则,您没有进行编译设置。首先安装 r-base-dev 包。

如果其他事情都失败了,请使用我为 lme4、RcppEigen、Rcpp 维护的预构建包

......

我通过重新安装 ubuntu 解决了这个问题。

没有看到你的代码,就不可能说。但是,对于现已弃用新 R 版本的包,可能会出现这些错误。尝试:

install.packages("ndl")

还要确保这些实际上是包的名称,而不仅仅是它们提供的功能......

在你的 .Rprofile 文件,删除第一行:"cat("。Rprofile:设置 cran repositoryn")"。这将解决问题。您可以通过以下方式做到这一点:

sudo gedit ~/.Rprofile 

并删除第一行

以防

万一有人遇到类似的相关错误:

clang: error: no such file or directory: 'Running'
clang: error: no such file or directory: 'R'
clang: error: no such file or directory: 'version'
clang: error: no such file or directory: '3.2.0'
clang: error: no such file or directory: '(2015-04-16)'
clang: error: -E or -x required when input is from standard input
clang: error: no such file or directory: 'Full'
clang: error: no such file or directory: 'of'
clang: error: no such file or directory: 'Ingredients'
make: *** [minqa.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘minqa’

这是由于在~/.Rprofile中包含自定义启动消息:

.First <- function(){
        cat('nRunning', R.Version()$version.string, '-', R.Version()$nickname, "nn") 
}

暂时删除~/.Rprofile会导致minqa成功编译。