r语言 - 库中的错误(功能):没有称为“功能”的包 - 使用 rmr2 运行 MR 时

Question

我正在尝试在单节点Hadoop集群中使用rmr2运行一个简单的MR程序。这是设置的环境

乌班图12.04(32位(
R(Ubuntu 自带 2.14.1，因此更新到 3.0.2(
从这里安装了最新的 rmr2 和 rhdfs 以及相应的依赖项
Hadoop 1.2.1

现在我正在尝试运行一个简单的MR程序作为

Sys.setenv(HADOOP_HOME="/home/training/Installations/hadoop-1.2.1")
Sys.setenv(HADOOP_CMD="/home/training/Installations/hadoop-1.2.1/bin/hadoop")
library(rmr2)  
library(rhdfs)
ints = to.dfs(1:100)  
calc = mapreduce(input = ints, map = function(k, v) cbind(v, 2*v))
from.dfs(calc)

mapreduce作业失败，并在hadoop-1.2.1/logs/userlogs/job_201310091055_0001/attempt_201310091055_0001_m_000000_0/stderr中出现以下错误消息

Error in library(functional) : there is no package called ‘functional’  
Execution halted  
java.lang.RuntimeException: PipeMapRed.waitOutputThreads(): subprocess failed with code 1  
        at org.apache.hadoop.streaming.PipeMapRed.waitOutputThreads(PipeMapRed.java:362)  
        at org.apache.hadoop.streaming.PipeMapRed.mapRedFinished(PipeMapRed.java:576)  

但是，sessionInfo()显示功能包已加载

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
>locale:
 [1] LC_CTYPE=en_IN       LC_NUMERIC=C         LC_TIME=en_IN       
 [4] LC_COLLATE=en_IN     LC_MONETARY=en_IN    LC_MESSAGES=en_IN   
 [7] LC_PAPER=en_IN       LC_NAME=C            LC_ADDRESS=C        
[10] LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=en_IN LC_IDENTIFICATION=C 
>attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
>other attached packages:
 [1] rhdfs_1.0.6    rJava_0.9-4    rmr2_2.3.0     reshape2_1.2.2 plyr_1.8      
 [6] stringr_0.6.2  **functional_0.4** digest_0.6.3   bitops_1.0-6   RJSONIO_1.0-3 
[11] Rcpp_0.10.5

更新：我能够运行从 STDIO 读取和写入的 R MR 作业，而无需使用 rmr2 和 rhdfs 库，如此处所述。所以，现在我的猜测是问题与 rmr2 和 rhdfs 包隔离。

如何解决这个问题？

Answer 1

将 rmr2/rhdfs 的依赖项安装在系统目录而不是自定义目录 (~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0( 中。这可以完成以 sudo 运行 R 然后安装依赖项。感谢Antonio在RHadoop论坛上的帮助。

Answer 2

这类问题的最常见解决方案是重新安装，因为在 sesssionInfo(( 中你正在得到

**functional_0.4** 

当我做会话信息((时，我得到了

functional_0.4

我想您可能缺少一些依赖项，因此请从 R 控制台使用

install.packages("functional",dependencies="TRUE") 

修复由于任何其他软件包引起的任何问题。

PS：从可用的镜像中选择云0镜像。

如果这仍然没有帮助，我建议您使用 r-base-dev 作为您的 R 版本，尽管我没有理由使用 http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README 来证明这一点

sudo apt-get install r-base-dev

谢谢