r语言 - 在线形图中添加误差条

Question

我对R很陌生，我设法使用'plot'创建了一个图形，但我忘记了错误条，我想在不重新做整个事情的情况下添加它们。有人知道近路吗?

我手工计算平均值，因为数据集太小了。这是我使用的原始数据和代码来制作图表。我想我需要用R来计算平均值和标准误差，但是当我尝试时，我无法使图形看起来相同。

# Pnem mean occurence each year
Plot9Pn <- c(46, 33, 28)
Plot11Pn <- c(20, 18, 10)
Plot14Pn <- c(34, 28, 26)
Plot15Pn <- c(57, 33, 12)

# Pram mean occurence each year
Plot9Pr <- c(30, 46, 95)
Plot11Pr <- c(8, 11, 14)
Plot14Pr <- c(10, 46, 46)
Plot15Pr <- c(15, 37, 110)

#hand calculated means across plots for each year- to be used in line graph
# Pn2009 <- 39.25
# Pn2010 <- 30.5
# Pn2011 <- 19
# Pr2009 <- 15.75
# Pr2010 <- 35
# Pr2011 <- 66.25

# Define 2 vectors
Pn <- c(39.25, 30.5, 19)
Pr <- c(15.75, 35, 66.25)
g_range <- range(0, Pn,Pr)
plot(Pr, type="o", pch=1, lty=1, col="red", ylim=g_range, 
 axes=FALSE, ann=FALSE)
lines(Pn, type="o", pch=2, lty=1, col="blue", ylim=g_range, 
  axes=FALSE, ann=FALSE)
# Make x axis using 2009-2011 labels
axis(1, at=1:3, lab=c("2009","2010","2011"))
# Create a title with a red, bold/italic font
title(main="Mean Yearly Pathogen Levels in Pilarcitos ", col.main="red", font.main=4)
# Label the x and y axes with dark green text
title(xlab="Year", col.lab=rgb(0,0.5,0))
title(ylab="# Positive", col.lab=rgb(0,0.5,0))
# Make y axis with horizontal labels that display ticks at 
# every 4 marks. 4*0:g_range[2] is equivalent to c(0,4,8,12).
axis(2, las=1, at=8*0:g_range[2])
# Create box around plot
box()
# Create a legend at (1, g_range[2]) that is slightly smaller 
# (cex) and uses the same line colors and points used by 
# the actual plots 
legend(1, g_range[2], c("P.ramorum","P. nemorosa"), cex=0.8, 
   col=c("red","blue"), pch=1:2, lty=1);
box()

Answer 1

我想你可能算错了Pn2010的平均值。

但是如果你也手工计算标准差

Pr.sd <- c(9.946, 16.553, 44.275)
Pn.sd <- c(15.903, 7.071, 9.309

可以使用

添加错误条

arrows(x0=1:3, y0=Pr-Pr.sd, y1=Pr+Pr.sd, 
    code=3, angle=90, length=.1, col="red")
arrows(x0=1:3, y0=Pn-Pn.sd, y1=Pn+Pn.sd, 
    code=3, angle=90, length=.1, col="blue")

这里加上+/- 1sd。你可以按你喜欢的方式计算它们。你可以考虑把这些点抵消掉，因为它看起来不是特别好看。

arrows函数是一个基本图形函数，因此它将与您已经拥有的绘图代码一起工作。但是为了使事情在未来变得更容易，你可能会想要研究使用像ggplot2或lattice这样的绘图包，因为它们都可以更容易地绘制多个组，ggplot也可以更容易地添加误差条。