闪亮的应用程序仅在触摸 ui 后有效.R在Docker容器中



我正在目睹一个奇怪的现象,我用一个R Shiny演示应用程序("使用空间"(我一起破解。它只包含一个数据表,填充了一些随机数据。代码如下:

用户界面。R:

library(shiny)
shinyUI(fluidPage(
dataTableOutput("foobar")
)
)

服务器。R:

library(shiny)
library(DT)
source("data-generator.R")
data <- randomEntries(100) # function from data-generator.R
shinyServer(function(input, output) {
cols <- c("First Name", "Last Name", "ID", "Disk Usage")
output$foobar <- renderDataTable(expr=data, colnames=cols)
})

从 RStudio 启动时,一切都运行良好,runApp().

现在我想在 Docker 容器中运行它。不要犹豫,指出我做错了什么,我刚刚开始使用 Docker,获得正确的权限(或至少可以工作(是相当麻烦的。

Dockerfile:

FROM centos
MAINTAINER Patrick Bucher "patrick.bucher@compa.ny"
RUN ["rpm", "-Uvh", "https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm"]
RUN ["yum", "-y", "install", "R", "wget", "git"]
RUN ["R", "-e", "install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')"]
RUN ["R", "-e", "install.packages('rmarkdown', repos='http://cran.rstudio.com/')"]
RUN ["R", "-e", "install.packages('DT', repos='http://cran.rstudio.com/')"]
RUN ["wget", "https://download3.rstudio.org/centos5.9/x86_64/shiny-server-1.5.3.838-rh5-x86_64.rpm"]
RUN ["yum", "-y", "install", "--nogpgcheck", "shiny-server-1.5.3.838-rh5-x86_64.rpm"]
RUN ["rm",  "shiny-server-1.5.3.838-rh5-x86_64.rpm"]
RUN ["yum", "clean", "all"]
RUN ["mkdir", "-p", "/srv/shiny-server"]
RUN ["mkdir", "-p", "/var/log/shiny-server"]
RUN ["mkdir", "-p", "/var/lib/shiny-server"]
RUN ["ln", "-fs", "/usr/share/zoneinfo/Europe/Zurich", "/etc/localtime"]
COPY start-shiny /usr/bin/start-shiny
EXPOSE 3838

建:

#!/bin/sh
mkdir -p apps
mkdir -p logs
rm -rf apps/used-space
docker build -t shinysrv

跑:

#!/bin/sh
iptables -I INPUT -p tcp -m tcp --dport 3838 -j ACCEPT
DIRS[0]=/srv/shiny-server
DIRS[1]=/var/log/shiny-server
DIRS[2]=/var/lib/shiny-server
docker run --privileged --name ssrv01 -dit -p 3838:3838 -v `pwd`/apps:${DIRS[0]} -v `pwd`/logs:${DIRS[1]} shinysrv sh
for DIR in ${DIRS[@]}; do
docker exec --privileged ssrv01 chown -R shiny:shiny $DIR
docker exec --privileged ssrv01 chmod -R 755 $DIR
done
docker exec --user shiny ssrv01 start-shiny

开始闪亮:

#!/bin/sh
git clone https://github.com/patrickbucher/used-space.git /srv/shiny-server/used-space
exec shiny-server 1> /tmp/shiny.out 2> /tmp/shiny.err &

连接:

#!/bin/sh
docker exec --user shiny -it ssrv01 sh

一切正常,服务器即将启动。但是当我转到localhost:3838/used-space时,我看到一个空白页。现在有趣的部分来了:我只需打开shell(./connect(并运行touch /srv/shiny-server/used-space/ui.R,再次加载页面 - 它运行良好 - 它运行良好。

我的感觉说这与Docker层有关,但我无法指出它有什么"问题"。有人能做到吗?(我在两种配置上进行了尝试:一种是在Arch Linux主机系统上,一次是在CentOS虚拟系统上,使用VirtualBox托管在Windows 10上。行为完全一样。当我touch另一个文件时,比如server.R,它不会开始工作。

我解决了。用户界面。R缺少library(DT),因此无法建立数据表。用户界面。R 可能在服务器之前加载。R,用于加载 DT 库。当我在 ui 上执行touch时。R,服务器重新加载并重新执行它,现在正确加载了DT库。它现在有效!

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