在Python中将氨基酸转换为整数

Question

我正在尝试使用Python将氨基酸转换为整数。我想使用MATLAB提供的表格herehttps://www.mathworks.com/help/bioinfo/ref/aa2int.html.

如何进行转换，将每个氨基酸转化为一个整数，0-25？

Answer 1

使用字典：

aa2int = {
'A' : 1,
'R' : 2,
'N' : 3,
'D' : 4,
'C' : 5,
'Q' : 6,
'E' : 7,
'G' : 8,
'H' : 9,
'I' : 10,
'L' : 11,
'K' : 12,
'M' : 13,
'F' : 14,
'P' : 15,
'S' : 16,
'T' : 17,
'W' : 18,
'Y' : 19,
'V' : 20,
'B' : 21,
'Z' : 22,
'X' : 23,
'*' : 24,
'-' : 25,
'?' : 0
}
x = aa2int['A']
print(x) # returns 1

或者对于一个序列使用以下函数：

_aa2int = {
'A' : 1,
'R' : 2,
'N' : 3,
'D' : 4,
'C' : 5,
'Q' : 6,
'E' : 7,
'G' : 8,
'H' : 9,
'I' : 10,
'L' : 11,
'K' : 12,
'M' : 13,
'F' : 14,
'P' : 15,
'S' : 16,
'T' : 17,
'W' : 18,
'Y' : 19,
'V' : 20,
'B' : 21,
'Z' : 22,
'X' : 23,
'*' : 24,
'-' : 25,
'?' : 0
}
def aa2int(seq : str) -> list:
return [_aa2int[i] for i in seq]
x = 'ABTZX'
aa2int(x) # returns [1, 21, 17, 22, 23]