如何为节点创建边缘

Question

需要查找输入文件中每种蛋白质的程度，如下所示

A   B
a   b
c   d
a   c
c   b

我使用 networkx 来获取节点。如何在创建的节点上使用输入文件创建边？

法典：

import pandas as pd
df = pd.read_csv('protein.txt',sep='t', index_col =0)
df = df.reset_index()
df.columns = ['a', 'b']
distinct = pd.concat([df['a'], df['b']]).unique()
import networkx as nx
G=nx.Graph()
nodes= []
for i in distinct:
    node=G.add_node(1)
    nodes.append(node)

Answer 1

从networkx文档中，先在循环中使用add_edge或收集边缘，然后使用add_edges_from：

>>> G = nx.Graph()   # or DiGraph, MultiGraph, MultiDiGraph, etc
>>> e = (1,2)
>>> G.add_edge(1, 2)           # explicit two-node form
>>> G.add_edge(*e)             # single edge as tuple of two nodes
>>> G.add_edges_from( [(1,2)] ) # add edges from iterable container

然后G.degree()给你节点的程度。

Answer 2

起初，函数 read_csv 被错误地用于读取输入文件。列由空格分隔，而不是制表符，因此sep应's+'而不是't'。此外，输入文件中没有索引列，因此不应将参数 index_col 设置为 0 。

将输入文件正确读取到DataFrame后，我们可以使用函数将其转换为networkx图 from_pandas_edgelist .

import networkx as nx
import pandas as pd
df = pd.read_csv('protein.txt', sep='s+')
g = nx.from_pandas_edgelist(df, 'A', 'B')