r-通过配对端FASTQ读取读取

Question

如何循环浏览配对的fastq文件？对于单端读取，您可以执行以下

library(ShortRead)
strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz")
repeat {
       fq <- yield(strm)
       if (length(fq) == 0)
     break
       #do things
       writeFasta(fq, 'output.fq', mode="a")
       }

但是，如果我编辑一个配对的文件，我需要以某种方式跟踪第二个文件，以便两个文件继续彼此良好

Answer 1

通常订购配对的fastq文件，

因此，您可以跟踪已删除的行，并将其从配对文件中删除。但这不是一个很好的方法，如果您的数据已包裹，您将痛苦。

更好的方法是使用标题信息。

两个文件中配对读取的标题是相同的，除了指定读取是反向还是向前的字段（1或2）...

首先从文件1读取：@M02621：7：000000000-arath：1：1101：15643：1043 1：n：0：0：12

首先从文件2读取@M02621：7：000000000-Arath：1：1101：15643：1043 2：n：0：12

数字1101：15643：1043分别指瓷砖，x，y坐标。

。

这些数字唯一地识别给定运行的每个读取对。使用此信息，如果它们不在第一个文件中，则可以从第二个文件中删除读取。

另外，如果您要进行质量修剪...三仪可以在配对数据上执行质量/长度过滤，并且快速...