在 R 中运行 glmnet 包，出现错误"missing value where TRUE/FALSE needed"，也许是由于缺少值？

Question

我正在尝试使用glmnet包中的glmnet来运行LASSO回归。

我正在使用以下命令：

library(glmnet)
glmnet(a,b,family="binomial",alpha=1)

并且收到错误：

> Error in if (!all(o)) { : missing value where TRUE/FALSE needed

a是一个矩阵，带有数值。 b 是以因子作为值的向量。

但是，b有一些缺失值。我怀疑这可能是导致错误的原因。但是，我在 glmnet 文档中没有看到排除NA的选项。

Answer 1

由于glmnet不接受带有公式的完整数据框（因此没有na.omit），而是使用单独的响应矩阵和预测矩阵，因此您必须找到b中缺少哪些值，然后对预测器矩阵进行子集以排除这些行。

library(glmnet)
set.seed(123)
a <- matrix(rnorm(100*20),100,20)
b <- as.factor(sample(0:1,100,replace = TRUE))
b[10] <- NA
na_index <- is.na(b)
res <- glmnet(a[!na_index, ], b[!na_index], family = "binomial", alpha = 1)