我需要测量从用户点击链接到服务器开始处理请求之间的时间差。问题是服务器和客户端之间的时间同步精度为毫秒。我无法重置服务器上的时间，我只能将客户端时间更改为与服务器同步。在客户端中，我使用javasript获取当前时间（以毫秒为单位），在服务器中使用java。任何这样做的想法都会有所帮助。
据我所知，您能达到的最高精度是使用ntp协议。我建议您在自己的网络中使用ntp服务器（并根据该服务器同步两台机器），这样可以最大限度地减少同步过程中的延迟。
无论如何，我怀疑这是否能够保证精确到毫秒。
我已经+1ned@jap1968提到NTP，我建议您阅读两篇有趣的文章：
NTP精度的研究
John Resig关于javascript时间准确性的著名帖子
这些将为您提供一些关于如何准确测量时间的见解
在那里，你可以找到比NTP更好的协议，但你的系统只能做什么（时间源的精度和在软件中检索时间源的过程）。