R 热图和热图输出

Question

我正在使用 Rheatmaply包来生成交互式热图。我喜欢该软件，但我想从中获得与使用pheatmap包相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有没有办法做到这一点？ 提前谢谢。 阿图罗

Answer 1

您可以使用formals()来获取默认的颜色参数pheatmap()。

formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后将heatmaply()的颜色参数设置为相同的参数：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")

• 颜色功能brewer.pal()来自RColorBrewer包，因此您需要提前安装和加载::或library()。
• heatmaply()中的grid_color对应于pheatmap()中的border_color。