如何在文件名中追加序列 ID

Question

我有数百个 FASTA 文件，想使用 bash 在文件名中添加第一个序列的完整标头。

例：1.法斯

>abc_files657_XXX

咔嚓...

2.FAS

>def_ID

啪....

我想要什么：

1_abc_files657_XXX.法斯

2_def_ID.法斯

我知道我可以使用：

对于 *.fas 中的文件;执行 ..

。但这就是我所知道的。谢谢！

Answer 1

您要将所有 .fas 文件重命名到文件的第一行？

for file in *.fas; do
    [ -e "$file" ] || continue
    mv -- "$file" "$(head -1 -- "$file").fas"
done

例如：

% cat 1.fas
john_doe
..
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% cat 2.fas
jane_baz

将成为：

john_doe.fas
jane_baz.fas