如何使用H5PY导入.mat-v7.3文件

Question

我有.mat文件，该文件具有3个矩阵A，B，C。

实际上我使用scipy.io将此垫子文件如下导入。

data = sio.loadmat('/data.mat')
A = data['A']
B = data['B']
C = data['C']

但是，v7.3文件不能以这种方式导入。因此，我尝试使用H5PY导入，但我不知道如何使用H5PY。我的代码如下。

f = h5py.File('/data.mat', 'r')
A = f.get('/A')
A = np.array('A')

哪一部分是错误的？谢谢！

Answer 1

octave

>> A = [1,2,3;4,5,6];
>> B = [1,2,3,4];
>> save -hdf5 abc.h5 A B

in ipython

In [138]: import h5py
In [139]: f = h5py.File('abc.h5')
In [140]: list(f.keys())
Out[140]: ['A', 'B']
In [141]: list(f['A'].keys())
Out[141]: ['type', 'value']
In [142]: f['A']['value']
Out[142]: <HDF5 dataset "value": shape (3, 2), type "<f8">
In [143]: A = f['A']['value'][:]
In [144]: A
Out[144]: 
array([[ 1.,  4.],
       [ 2.,  5.],
       [ 3.,  6.]])

另请参见侧边栏中的链接。

基本上是找到所需数据集的问题，然后如http://docs.h5py.org/en/latest/high/high/dataset.html#reading-writing-writing-data

中所述加载它。

https://pypi.python.org/pypi/hdf5storage/0.1.14-此软件包具有MATLAB MAT v7.3 file support。我还没有使用过。

---

In [550]: import hdf5storage
In [560]: bar = hdf5storage.read(filename='abc.h5')
In [561]: bar
Out[561]: 
array([ ([(b'matrix', [[ 1.,  4.], [ 2.,  5.], [ 3.,  6.]])], [(b'matrix', [[ 1.], [ 2.], [ 3.], [ 4.]])])],
      dtype=[('A', [('type', 'S7'), ('value', '<f8', (3, 2))], (1,)), ('B', [('type', 'S7'), ('value', '<f8', (4, 1))], (1,))])

因此，该文件已被加载为一个结构化数组，形状（1，）和2个字段'a'和b'（2个变量名称）。每个都有一个"类型"one_answers"值"字段。

In [565]: bar['A']['value']
Out[565]: 
array([[[[ 1.,  4.],
         [ 2.,  5.],
         [ 3.,  6.]]]])

或使用其loadmat：

In [570]: out = hdf5storage.loadmat('abc.h5',appendmat=False)
In [571]: out
Out[571]: 
{'A': array([(b'matrix', [[ 1.,  4.], [ 2.,  5.], [ 3.,  6.]])],
       dtype=[('type', 'S7'), ('value', '<f8', (3, 2))]),
 'B': array([(b'matrix', [[ 1.], [ 2.], [ 3.], [ 4.]])],
       dtype=[('type', 'S7'), ('value', '<f8', (4, 1))])}

out是一个字典：

In [572]: out['B']['value']
Out[572]: 
array([[[ 1.],
        [ 2.],
        [ 3.],
        [ 4.]]])

用于读取简单的MATLAB文件，这不会添加太多。它可能会增加细胞或结构。但是，对于编写MATLAB兼容文件，应该是一个很大的帮助（尽管写作可以坚持使用scipy.io.savemat）。