我正在尝试使用jsonlite包将以下JSON数据库读入R。
library(jsonlite)
db <- fromJSON("http://www.stbates.org/funguild_db.php", flatten=TRUE)
这样做会引发以下错误：
Error in parse_con(txt, bigint_as_char) :
lexical error: invalid char in json text.
<html> <head> <title>funguild_d
(right here) ------^
显然，它不喜欢这些角色。我错过了这里有一个简单的工作吗？
@MrFlick是正确的，因为它不是提供数据的好方法。但与往常一样，有办法解决它。在这里，我使用 rvest 来抓取整个页面，然后gsub去掉第一个字符串，它恰好是 url 的最后一部分（减去 .php 扩展名）。
url <- "http://www.stbates.org/funguild_db.php"
library(rvest)
library(jsonlite)
js <- url %>%
read_html() %>%
html_text()
js <- jsonlite::fromJSON(gsub("funguild_db", "", js))
head(js[, 1:5])
# $oid taxon taxonomicLevel trophicMode guild
# 1 58f450f1791497fd28ebfccc Xanthomonas campestris 20 Pathotroph Plant Pathogen
# 2 58f450f1791497fd28ebfccd Xanthomonas juglandis 20 Pathotroph Plant Pathogen
# 3 58f450f1791497fd28ebfcce Xanthoparmelia 13 Symbiotroph Lichenized
# 4 58f450f1791497fd28ebfccf Xanthopeltis 13 Symbiotroph Lichenized
# 5 58f450f1791497fd28ebfcd0 Xanthopsora 13 Symbiotroph Lichenized
# 6 58f450f1791497fd28ebfcd1 Xanthopsorella 13 Symbiotroph Lichenized