底部有高表达式值的热图
我对 Rstudio 很陌生，我正在尝试使用 r 中的热图函数制作热图，但在某些热图(具有不同的数据(中，高表达式值(红色(显示在顶部，而在另一个数据集中，高表达式值显示在底部，低表达式值显示在顶部，如图所示。
我对不同的数据集使用相同的代码
heatmaply(Heatmap_DEXFORM, dendrogram = "row", scale_fill_gradient_fun = scale_fill_gradient2(low="blue",high="red", midpoint=0,limits=c(-4,6))
这是数据形状方式的结果吗？是否有一个命令可以让热图翻转，以便高表达式值显示在顶部，就像在我的其他热图中一样？
提前感谢！
热
图通常根据分层聚类而不是值的大小进行排序。要根据量级排序(顶部较高，反之亦然(，您需要提供树状图(如 Tal 建议的那样(或手动对数据重新排序(例如，基于行总和或行均值(或列总和/均值((。
请参阅下面的玩具示例。
mat <- scale(mtcars)
heatmaply(mat, dend = "none")
heatmaply(mat[order(rowSums(mat)), ], dend = "none")