Perl模块，用于将OWL文件转换为OBO

Question

我是Perl的新手，以前从未使用过CPAN模块，我需要将OWL文件转换为OBO格式。我成功安装了"ONTO-PERL-1.37"模块。我想使用以下脚本：

use Carp;
use strict;
use warnings;
use OBO::Parser::OWLParser;
my $my_parser = OBO::Parser::OWLParser->new();
my $ontology = $my_parser->work(shift(@ARGV));
$ontology->export('obo');
exit 0;

结束

我的问题是，我是否需要声明输入OWL文件，如果需要，如何对上面的脚本进行声明？

Answer 1

此脚本从命令行获取参数。这就是shift(@ARGV)的作用。当使用perl owl2obo.pl my-ontology.owl运行脚本时，shift从列表中删除第一个元素，而@ARGV是一个列表，其中填充了作为命令行参数给定的文件名。

如果更容易的话，你可以用修改脚本

 my $ontology = $my_parser->work('/the/path/to/ontology.owl');

或

 my $owlfile = shift(@ARGV) || '/path/to/owlfile.owl';
 my $ontology = $my_parser->work($owlfile);