R中的多维标度图

Question

我有一个数据集("data")看起来像这样:

   PatientID Visit  Var1  Var2  Var3  Var4 Var5
1        ID1     0 44.28  4.57 23.56  4.36 8.87
2        ID1     1 58.60  5.34  4.74  3.76 6.96
3        ID1     2 72.44 11.18 21.22  2.15 8.34
4        ID2     0 65.98  6.91  8.57  1.19 7.39
5        ID2     1 10.33 38.27  0.48 14.41   NA
6        ID2     2 69.45 11.18 20.69  2.15 8.34
7        ID3     0 69.16  6.17  10.98  1.91 6.12
8        ID3     1 86.02  3.28  16.29  4.28 5.74
9        ID3     2 69.45 NA 20.69  2.15 8.34
10       ID4     0 98.55 26.75  2.89  3.92 2.19
11       ID4     1 32.66 14.38  4.96  1.13 4.78
12       ID4     2 70.45 11.42 21.78  2.15 8.34

我需要生成一个包含所有数据点的MDS图。我还需要访问点通过一条线连接，访问1为绿色，访问2为红色，访问3为黑色(所有个人的颜色一致)。

我的代码看起来像这样(相当长，但它不起作用):

data.cor <- cor(t(data[,3:7]), use = "pairwise.complete.obs", method  = "spearman")
dim(data.cor)
dim(data)
rownames(data.cor) <- paste0(data$PatientID, "V", data$Visit)
colnames(data.cor) <- paste0(data$PatientID, "V", data$Visit)
c <- dist(data.cor)
fit <- cmdscale(c,eig=TRUE, k=2)
ff <- fit$points
ff <- as.data.frame(ff)
ff$pair <- paste0(substr(rownames(ff),1,6))
ff$pair <- factor(ff$pair)
pc.pair.distances <- matrix(nrow = nlevels(ff$pair), ncol = 1)
for(i in 1:nlevels(ff$pair)){
  pair2 <- ff[ff$pair %in% levels(ff$pair)[i] , ]
  pc.pair.distances[i,1] <- sqrt(
    ((pair2[1,1] - pair2[2,1]) * (pair2[1,1] - pair2[2,1])) 
+ ((pair2[1,2] - pair2[2,2]) * (pair2[1,2] - pair2[2,2]))
  )
  rm(pair2)
}
plot(ff[,1], ff[,2], xlab="Principal 1", ylab="Principal 2", type = "n", las = 1)
for(i in 1:nlevels(ff$pair)){
lines(ff[ff$pair == levels(ff$pair)[i],1], ff[ff$pair == levels(ff$pair)[i],2], col = "grey")
}
points(ff[,1], ff[,2], xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "p",
   pch = ifelse(grepl(x = substr(rownames(ff), 7,8), "V1"), 20, 18),
   cex = 1.3)
)

我非常感谢你的帮助。

Answer 1

我建议您修改您的data.frame，以便为visit number和indiv id添加一列，函数为sapply。

ff$visit <- sapply(ff$pair,function(x){substr(x,5,5)})
ff$indiv <- sapply(ff$pair,function(x){substr(x,3,3)})

然后库ggplot2对于绘制数据非常有用。首先，绘制点:

g <- ggplot(ff,aes(V1,V2))+geom_point(aes(color=visit)) 

然后为每个人添加行:

for (i in unique(ff$indiv)){
 g <- g+geom_line(data=ff[ff$indiv==i,],aes(V1,V2))
}