r语言 - rjava 依赖包安装 分段错误(核心转储)



我正在尝试重新安装以前能够安装和使用的软件包。在我的计算机意外重新启动后,我正在构建自己的软件包,然后我开始在加载 rpgraph 软件包时遇到问题。所以我决定卸载它并重新安装它。当我这样做时,我收到以下错误:

library(devtools)
library(rJava)
install_github("Albluca/rpgraph")

Downloading GitHub repo Albluca/rpgraph@master
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master
Installing rpgraph
Running command /usr/lib/R/bin/R
Arguments:
CMD
INSTALL
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
--install-tests
installing source package ‘rpgraph’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Segmentation fault (core dumped)
ERROR: loading failed
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,         stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =     real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,     stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,     spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :     System command error`

我尝试从零重新安装 JAva 和 cran,但不知何故,我的系统中仍然存在一些东西可以避免要安装的软件包。另外,由于错误的信息量不是很大,我不知道如何缩小问题所在。

感谢您提供的任何帮助。

我在vanneulerwordnet安装库时遇到了同样的问题,并使用 Kenneth 提出的解决方案解决了这个问题。就我而言,选项-Xss2560k足以解决:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

此外:可以使用以下命令直接从 R 会话设置 java 选项,而不是从终端运行导出命令:

options(java.parameters = "-Xss2560k")

这似乎是最近内核版本中的错误,涉及 Java 的其他 R 库以及其他软件也会发生同样的问题。

请参阅 https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.html 和 https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919。

此解决方法为我提供了诀窍:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g"

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