我有一个来自16个不同样品(Xylem树组织(的真菌物种的丰度表。
我想根据健康阶层可视化这些样本的相似性。我已经运行了metAMD(素食包(并绘制来自metamds的输出，这是获得的距离(data_mds(
的示例 NMDS1 NMDS2
1 -25.82806 -0.216970172
2 -24.59347 -0.377391024
3 -25.80740 0.268355050
4 -23.41391 -0.793553278
5 -25.93017 0.179795622
6 -25.39369 0.471681826
7 -25.29794 0.044754740
8 -24.68337 1.612166365
9 400.26576 0.003309978
10 -23.21608 -0.632045558
11 -22.67440 0.268931564
12 -23.93604 0.551203963
13 -23.55546 -1.304642023
14 -25.77035 -0.989877602
15 -25.77835 -0.226395569
16 -24.38708 1.140676118
如果我绘制它们，样本9将偏向所有图形，因此所有其他15个样本都会重叠在一个位置(如图中所示(。
15个样本重叠和单独样本9
我尝试使用gap.plot在两组之间创建差距对于样本9。使用此代码，我设法创建了两个单独的图，但是如图2所示，15个样本未分布在X轴上。
nmds_plot <- plot(data_mds, main = "NMDS", type="none")
gap.plot(nmds_plot, gap=c(300, 350), gap.axis="x", xlim=c(-30, 500), ylim = c(-2, 2))
cols <- c("darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise","darkturquoise",
"grey0","grey0","grey0","grey0",
"chocolate1","chocolate1","chocolate1","chocolate1")
pch_data_mds<-c(15,15,15,15,15,15,15,15,17,17,17,17,19,19,19,19)
points(nmds_plot, col=cols, pch=pch_data_mds, cex=1.4)
abline(v=0, col="gray59", lty="dotted")
abline(h=0, col="gray59", lty="dotted")
colsleg <- c("darkturquoise", "grey0", "chocolate1")
legend("topright", legend = c("Low", "Medium", "High"), col=colsleg , pch=c(15,17,19), cex=0.5, title = "Vitality classes")
图分开，但在x轴上没有间隔15个样品
感谢您的帮助
您的不连续性和异常值。没有办法在排序图中破裂，但结果就是它。但是，您可以拥有xlim和ylim参数将图限制在所需范围内。通常，您必须给出这两个限制，因为订购图将具有相等的纵横比。但是，通常您会在覆盖的一堆点中发现几乎没有结构，但是您需要处理异常值。要成为一个异常值的原因通常是与其余的要点没有共同点。删除异常值通常会有所帮助。有时，在metaMDS调用中设置noshare = TRUE有助于